甲状腺穿刺（FNA）是评估结节良恶性准确率最高的检查，但由于有创伤且费用高，所以并不适用于甲状腺癌的筛查，主要用于对怀疑恶变的结节进行进一步确认。
目前FNA结果一般按照Bethesda System系统来报告，可以分为一下6类：
中国甲状腺结节及分化型甲状腺癌治疗指南
I、不能诊断或标本不满意
穿刺取的组织量不足，或质量不合格，也就是说这次白穿了，没有结果。要想获得结果，还得再次穿刺，再次穿刺的时间不必非得等待3个月后，根据彩超的可疑程度和患者意愿决定。如果标本不满意，重复穿刺抽吸后50%~88% 可获得准确诊断。如果反复穿刺都没法明确诊断，可以进行基因检测或手术取得组织标本进行明确诊断。
II、良性
FNA诊断良性的结节，还是有一定恶性的风险。这句话听起来有些难理解。我来解释一下，FNA的操作过程就是用细针扎进甲状腺，在彩超的帮助下，瞄准结节扎进去，然后吸出来一些结节组织，在显微镜下观察这些细胞形态和组织结构从而诊断。一个恶性的结节并非全是癌细胞，就像一个坏掉的苹果，只是坏掉了一小块，用针穿刺，如果能够取到癌组织，那就能诊断为癌，如果没有取到癌组织，那就诊断为良性。别着急，FNA穿刺是多个部位取材，所以诊断良性结节的准确性还是很高的，只要FNA穿刺诊断为良性，就不需要再进一步检查或治疗了，除非彩超高度怀疑恶性。
III、意义不明确的细胞非典型病变或意义不明确的滤泡性病变
因为细胞的形态介于好与坏之间，所以医师也无法判断结节到底是好是坏。可以通过反复穿刺、分子检测辅助诊断如BRAF突变阳性预测率高，而167 GEC的阴性预测率高（a gene expression classifier ），新一代测序分析（next-generation sequencing assay）在特异性和敏感性方面都表现不俗。如果最终无法获得诊断，可以严密随访监测或者手术切除获得最终病理结果。
IV、滤泡性肿瘤或怀疑滤泡性肿瘤
包括嗜酸性肿瘤（Hurtle 细胞肿瘤）
国内指南将III和IV合并为了一类，美国指南将两者分开讨论。
V、可疑恶性
按照恶性的标准进行手术，术后进行石蜡病理分析。
VI、恶性
穿刺明确恶性的，那就等待手术吧。如果不想手术，满足以下几点，也还是可以观察的：
1、低危甲状腺癌，如微小乳头状癌且没有淋巴结转移、局部侵犯、不是高侵袭亚型。
2、患者身体太弱，手术风险太大。
3、患者预计寿命不长，手术已经没有意义。
4、患者有比甲状腺癌更凶险的其他疾病需要处理。
对于甲状腺低危癌，大多数常年无进展，即使有进展及时采取手术也能取得满意的治疗效果，所以可以采取密切观察，而不一定需要手术。
此外，现在甲状腺癌相关的分子检测在慢慢普及，如存在BRAF、PIK3CA, AKT1, TERT promoter, 或者 TP53的突变可能与不良预后相关。
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