一：NBS基因家族系统发育树

1. 将数据修改一下

在拟南芥基因家族分析（一）中我们已经将NBS的pep序列找到了，但是我们发现ID比较长，构树不好看，所以把ID改一下。

原数据

$sed 's/pep .*//g' final_all_NBS-ARC_qua.fa >phylogenetic_tree.fa

结果

2.将数据用clustalw比对

最后获得phylogenetic_tree.dnd与phylogenetic_tree.nxs文件（自己调整输出格式），再将dnd文件导入到MEGA及Fig tree中进行可视化。

部分结果

或者你也可以在MEGA进行比对，然后裁剪，只用保守区域构树，保存成NWK文件，再到Fig tree中美化。

结果文件