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第1周 生信人应该具备的能力和开发环境配置

第1周 生信人应该具备的能力和开发环境配置

作者: chaimol | 来源:发表于2017-10-22 21:13 被阅读49次

    1.生信人应具备的能力

    • creativity, sensitivity, and imagination /创造新思维,敏锐观察力和想象力。
    • Protocols should be viewed as guidelines, not as rules that guarantee success. /功夫需要有招式,但是不拘泥于招式。
    • extensive practice, and familiarity with multiple analytical frameworks。
      /勤能补拙,多学多练,熟悉多种分析流程(先学剑谱)。
    • think "outside the box" /跳出惯性思维
      a solid foundation and an in-depth understanding of concepts are required of anyone who wishes to develop the particular creativity needed to succeed in this field./坚实的基础,深度的理解底层内容是成为大牛的前提。(任何行业都是如此)

    2.系统开发环境配置

    1. Prepare your computer.
    2. Install conda.
    3. Activate bioconda.
    4. Install the software.

    • 在笔记本上(i3 3代,8G内存),安装win10系统,从win8.1升级到win10,之后进入设置打开开发者模式,打开Windows添加新功能,安装linux(beta)。
    • 设置包更新服务器
      sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' /etc/apt/sources.list
      sudo apt update
      sudo apt upgrade /安装更新
    • 初始化终端
      curl http://data.biostarhandbook.com/install/bash_profile.txt >> ~/.bash_profile
      curl http://data.biostarhandbook.com/install/bashrc.txt >> ~/.bashrc
      打开新的终端运行 source ~/.bash_profile
    • 安装conda
      curl -O https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
      bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
      安装完成后,在新的终端运行conda -V,应该会出现conda的版本号。
    • 更换conda源:
      conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
      conda config --set show_channel_urls yes
      1、conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
      2、conda config --set show_channel_urls yes
      #?conda更换源的问题仍无法解决
      更换到清华源之后仍然无法连接网络。
    conda报错图.png

    目前卡在这一步,没找到阿里或者中科大的conda源。清华的链接也无法直接访问。

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      网友评论

      • coldlandkuma:conda的源可以找到中科大的,但是bioconda的话,最近清华的镜像源没有向校外开放,应该过几天会好吧,我是靠不断重复重复下完的,一直报错的我心累,最后差一个blast软件太大没办法弄下来,其他都下好了
        chaimol: @coldlandkuma 多谢指点。我会试试的。

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