对科举制度的废除，学界也存在不同的观点。
一种观点认为，科举制度被人们妖魔化。刘海峰强调人们混淆了科举制度与八股文的区别，认为清末康有为抨击八股文导致中国积贫积弱、割地赔款，但这些言论基本上都是针对八股文而不是针对科举制本身的。而且，清末人士为废科举而将八股文连带科举制说得一无是处，带有特定的时代背景中的严重情绪化倾向。
但大多数学者认为，废除科举制度是必需和必要的，只不过在废除的时机、方法和途径上，学者们存在很大分歧。部分学者认为，废除科举是两害取其轻。刘绍春认为，“渐变改革方式已经跟不上局势的发展”，时势的急迫成为废除科举的直接重要推动力，虽然，这种激进改革又为以后留下了一些问题，“但已无法顾虑周全，两弊相权取其轻罢了”。
关晓红认为，科举的负面影响，极大地妨碍了举国上下视为生死存亡攸关的兴学大业。“补天不成，只好拆庙”，清廷面临的国际形势也不允许他们按部就班地继续思考和试验其他方案了。
还有部分学者认为，科举制度的废除是条件成熟的自然结果。孟宪实认为，经过废八股、设特科、建立新式学堂等几个步骤，在近代的历史背景下，中国的知识体系和人才观念才最终完成历史性的突破，废除科举的条件已经成熟。
但也有部分学者，从科举废除后的消极影响出发，认为清廷在废除科举上，操之过急。蔡宇指出：“变革不适应于时代要求的旧制度，毕竟是历史的大趋势。但采取什么方法，使制度改革可以取得理想的效果，则是改革者应该考虑的最为关键性的问题。”
田澍更是明确指出：“清末仓促废除科举而对长期准备应试者的命运没有做出妥善的安排，导致清朝政权社会基础的迅速崩解。一个负责任的理性的政府在这样重大的废制面前，不应如此草率和忙乱。”
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