MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。

简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如5个碱基（ACGTA），连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分为如下几类。

• < 6 bp 微卫星DNA
• 10-60 bp 小卫星DNA
• 100-300 bp 卫星DNA
  等。。。

今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件，MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定，因为叶绿体基因组序列较短，所以在线即可快速完成。具体操作如下。

1 输入数据

2 结果展示

本次我选用misa格式文件，其格式如下所示

ID      SSR nr. SSR type        SSR     size    start   end
Sd      1       p1      (A)11   11      1549    1559
Sd      2       p5      (ATTTA)3        15      4323    4337
Sd      3       p1      (A)10   10      6020    6029

每一列

• 基因组ID
• SSR编号
• SSR类型，p1，就是重复单元长度为1
• SSR 大小
• 起始
• 终止

参考

• https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=1