小麦跟其他种子一样，都含有一种叫作植酸的化合物。植酸能与矿物质结合，使矿物质在种子发芽前一直处于不被消耗的状态。酵母和其他微生物中含有植酸酶，能够分解种子中的植酸，释放出锌、钙、镁等矿物质元素。
孩子的父母如果购买了廉价的未经发酵的面包，又没钱购买可以提供锌和镁的肉类，这便是导致他们的孩子易患侏儒症。面包中的锌和镁跟植酸结合在一起，未经消化便被排出体外，导致体内矿物质缺乏，阻碍了孩子们骨骼生长基因的正确表达。
因为很少有人能感受到昂贵的正宗食品和廉价的替代品之间的区别，制造商们也总是尽可能地省略发酵这个步骤，因为发酵既耗时又费力。我们常见的豆制品就是一个例子。
大豆中含有叫作致甲状腺肿大物质和植物雌激素的化学物质，会破坏甲状腺和性激素的功能。有食用豆类食品传统的中国人和日本人会先浸泡、漂洗，再经过一段时间的发酵来中和有害物质，然后才把富含脂肪和蛋白质的豆类当作微生物活动丰富的养分摄入。
传统的豆腐、纳豆、味噌（日本豆面酱）及其他发酵豆类产品的营养非常丰富；而市面上出售的豆奶、豆腐及婴儿配方豆奶粉则含有大量的致甲状腺肿大物质和植物雌激素，过量摄入这类食物会导致甲状腺功能减退或亢进、甲状腺癌，还会造成男性和女性生殖障碍（尤其是在婴儿期或怀孕期）。
一磅发酵物所含的营养物质比一磅用于发酵的原材料中的营养物质更多，因为微生物不仅是小型解毒器，它们还能在生长的地方聚集大量的营养物质。
单细胞细菌和真菌能通过酶的作用，将糖、淀粉和纤维素转化为它们所需的各种维生素、氨基酸、核酸和脂肪酸等物质。它们可以凭借可能导致人类极度营养不良的食物茁壮成长，但人体比它们大得多。当我们喝酸奶，吃天然发酵的酸菜、泡菜或其他任何富含益生菌的食物时，消化液会攻击并杀死许多微生物。幸存的微生物能够保护我们，而那些被消化掉的微生物则将它们的营养物质贡献给我们。
即便在发酵过程结束之后，红酒、奶酪等食物中虽不再含有活体菌，但曾经以它们为居所的微生物也已赋予它们丰富的营养：红酒中抗氧化物的含量比葡萄汁高，奶酪中蛋白质的含量比牛奶高。
除维生素D之外，这些微生物能够制造我们身体所需的所有维生素和氨基酸。释放矿物质、保存食物、制造维生素及清除人体无法应付的植物性化学物质，这些似乎并不是它们的全部技能，它们还有一招：一旦进入你的身体，它们就会为你的身体而战。
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