PerMANOVA多元方差分析

PerMANOVA分析(也叫NPMANOVA、Adonis分析)是一种以距离矩阵为对象的多元方差分析。
以图1的PCoA图为例，椭圆圈出的四组样品点正好对应四个海拔分组，这四组样品之间的群落差异是否显著呢？检验组间群落差异本质上是检验距离矩阵之间的差异，普通的ANOVA分析无能为力。而基于距离矩阵的PerMANOVA分析则表明，这四个分组两两之间差异是显著的(p<0.05)。

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图表出处：Rui J, Li J, Wang S, An J, Liu W-t, Lin Q, Yang Y, He Z, Li X 2015. Responses of bacterial communities to simulated climate changes in alpine meadow soil of Qinghai-Tibet plateau. Applied and Environmental Microbiology 81: 6070–6077