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RNA-seq助力揭示实体肿瘤潜在新疗法

RNA-seq助力揭示实体肿瘤潜在新疗法

作者: 生物芯时空 | 来源:发表于2022-10-09 15:30 被阅读0次

    靶向GPC3的CAR-T细胞对有细胞因子释放综合征(CRS)风险的肝细胞癌患者的治疗初显成效。几种采用天然TCR信号传导的T细胞过继疗法(ACT)在实体肿瘤中诱导了更有效的抗肿瘤功能,并减少了相对于CAR的细胞因子产生。

    该研究构建的sFv-ε T细胞在减少细胞因子释放的同时显示出良好的抗肿瘤效果。RNA-seq分析发现这可能与钙-钙调磷酸酶-NFAT信号通路活性较低有关。此外,研究进一步构建GPC3特异性7sFv-ε T细胞,并在临床前小鼠模型中评估了其抗肿瘤活性,揭示了GPC3特异性7sFv-ε T细胞在实体肿瘤治疗中的潜力。

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    发表时间:2022-04-19

    发表期刊:Molecular Therapy – Oncolytics(IF=7.2)

    关键词:GPC3;嵌合sFv-CD3ε受体;IL-7;免疫疗法;实体肿瘤;RNA-seq

    研究对象:小鼠

    研究方法:RNA-seq、流式细胞术、免疫组化等

    DOI:10.1016/j.omto.2022.04.003.

    研究背景

    靶向GPC3的CAR-T细胞对有细胞因子释放综合征(CRS)风险的肝细胞癌患者的治疗初显成效。几种采用天然TCR信号传导的T细胞过继疗法(ACT)在实体肿瘤中诱导了更有效的抗肿瘤功能,并减少了相对于CAR的细胞因子产生。为了提高靶向GPC3的ACT的有效性和安全性,研究用与CD3ε连接的抗GPC3单链可变区片段(sFv)修饰T细胞,将其整合到整个TCR/CD3复合物中,形成嵌合sFv-CD3ε受体(sFv-ε)。发现sFv-ε T细胞在减少细胞因子产生的同时显示出良好的抗肿瘤活性,RNA-seq分析发现这可能与钙-钙调磷酸酶-NFAT信号通路活性较低有关。研究进一步构建了IL-7共表达的小鼠sFv-ε T细胞(7sFv-ε),发现在具有免疫功能的小鼠模型中,与传统的sFv-ε T细胞相比,7sFv-ε T细胞表现出更强的持久性、抗肿瘤疗效和免疫记忆性,同时,保留了与CRS相关的低细胞因子的产生。这些结果表明,GPC3特异性7sFv-ε T细胞可能是一种潜在实体肿瘤治疗策略。

    研究思路 研究结果

    1.  与CAR-T细胞相比,人sFv-ε T细胞具有自激活减轻的TCR样信号传导

    为了探究sFv-ε是否可以介导TCR样信号,用原代人T细胞制备的抗GPC3 sFv-ε T或CAR-T细胞。未转导(UTD)T细胞做为对照,评估被GPC3肽激活时sFv-ε T或CAR-T细胞中关键TCR信号分子的磷酸化动力学和持续时间。接下来,研究者进一步分析了抗原非依赖性信号传导(tonic signaling)是否会促进T细胞分化和衰竭。结果表明,在抗原刺激下,sFv-ε可以诱导内源性CD3ζ的磷酸化,暗示sFv-ε可以通过整个TCR/CD3复合体转导抗原激活。此外,与CARs相比,sFv-ε显著减弱了抗原非依赖性信号(图1)。

    图1 在人28ζ CAR、BBζ CAR和sFv-ε T细胞中激活、分化和抑制表型的不同特征

    2、人sFv-ε T细胞在减少细胞因子产生的同时显示出良好的抗肿瘤效果

    与CAR-T细胞治疗相关的CRS的特点是外周细胞因子升高,包括IL6、IFNγ、TNFα、IL2和GM-CSF。通过体外细胞因子释放实验发现,sFv-ε T细胞通常比CAR-T细胞诱导的IL6、IFNγ、TNFα、IL2和GM-CSF的分泌更少(图2B)。评估sFv-ε和CAR-T细胞在PLC/PRF/5荷瘤小鼠体内的抗肿瘤疗效(图2C)发现,在注射T细胞7天后与28ζ和BBζ CAR-T组相比,sFv-ε T组外周血中CD4+和CD8+T细胞的持久性增强(图2D)。sFv-ε T细胞在早期诱导肿瘤消退的程度优于CAR-T细胞(图2E)。在实验结束时,sFv-ε T细胞或BBζ CAR-T细胞比28ζ CAR-T细胞更有效地抑制肿瘤生长(图2F)。在另一项实验中,研究人员检测了接受了大量T细胞的荷瘤小鼠体内的细胞因子。与CAR-T细胞治疗的小鼠相比,sFv-ε T细胞治疗的小鼠外周血和肿瘤组织中存在人IFNγ、TNFα、IL2和小鼠IL6减少的趋势(图2G)。这些数据表明,人GPC3特异性sFv-ε T细胞在减少一些与CRS相关细胞因子产生的同时显示出与CAR-T细胞相比具有竞争力的抗肿瘤效果。

    图2 人28ζ CAR、BBζ CAR和sFv-ε T细胞的抗肿瘤活性和细胞因子产生的特征

    3、与CAR相比,sFv-ε介导的钙-钙调磷酸酶-NFAT信号活性较低

    为探究sFv-ε或CAR信号通路对细胞因子转录的调节是否不同,对受高水平GPC3肽刺激的T细胞进行RNA-seq。如图3C所示,与28ζ或BBζ CAR-T细胞相比,sFv-ε T细胞中许多NFAT调节的细胞因子的mRNA表达水平降低,包括IFNγ、TNFα、IL2和GM-CSF。钙/钙调磷酸酶/NFAT网络在细胞因子的产生中起着重要作用。细胞内Ca2+的增加导致钙调磷酸酶的快速激活,导致NFAT去磷酸化、核易位和随之而来的基因转录。此外,钙调磷酸酶抑制剂FK506几乎完全消除了所有工程T细胞产生IFNγ、TNFα和IL2,表明这些细胞因子主要受钙调磷酸酶-NFAT通路调控(图3B)。基因集富集分析(GSEA)显示,钙离子转运在sFv-ε T细胞中的正调控活性低于CAR-T细胞(图3D)。因此,研究进一步分析了人sFv-ε细胞和CAR-T细胞与PLC/PRF/5细胞共培养后细胞内Ca2+水平。sFv-ε T细胞中Ca2+的增加幅度和持续时间均低于CAR-T细胞(图3E)。这些发现表明,sFv-ε T细胞中钙-钙调磷酸酶-NFAT通路的活性低于CAR-T细胞,这可能有助于减少IFNγ、TNFα和IL2的产生。

    图3 sFv-ε或CAR介导的钙-钙调磷酸酶-NFAT信号通路的特征

    4、IL7共表达可提高小鼠7sFv-ε T细胞的体外存活率

    为了提高T细胞的存活率和免疫记忆,通过将sFv-ε和IL7与一个2A肽序列融合,构建了小鼠sFv-ε,共表达IL7(图4A)。用各自的逆转录病毒转导C57BL/6小鼠的脾T细胞,生成sFv-ε、7sFv-ε或CAR T细胞。分析小鼠T细胞的记忆分化和衰竭表型发现sFv-ε和7sFv-εT细胞的CD44+CD62L+中枢记忆性T细胞比例高于28ζ和BBζ CAR T细胞(图4C和图4D),与CAR T细胞相比,sFv-ε和7sFv-εT细胞的PD-1和LAG-3表达显著降低(图4E和图4F)。为了评估T细胞对IL2缺乏诱导凋亡的易感性,在没有加入IL2的情况下,T细胞孵育24小时。与预期相符,7sFv-εT细胞的凋亡率显著低于其他工程T细胞(图4G和图4H)。利用Western blot分析细胞凋亡相关蛋白的表达,结果表明,与其他工程T细胞相比,7sFv-ε T细胞降低了caspase 3的活化,同时上调表达了抗凋亡的Mcl-1、Bcl-xL和Survivin(图4I)。此外,在低浓度IL2的体外培养条件下,7sFv-ε T细胞比传统的sFv-ε T细胞具有更强的增殖能力。

    图4 IL7对小鼠7sFv-ε T细胞的体外作用

    5、7sFv-εT细胞显示出良好的体内抗肿瘤效果

    小鼠工程T细胞的体内抗肿瘤活性首次在Hepa 1-6-GPC3模型中评估,该模型具有免疫应答特性(图5C)。传统的sfv-ε和28Z CAR T细胞抑制肿瘤生长和延长小鼠存活时间,而BBζ CAR T细胞在6只小鼠中的3只里更早失去抑制肿瘤生长的能力。与其他工程T细胞相比,7sFv-εT细胞在治疗40天后在6只小鼠中的4只里完全根除了肿瘤,并显著提高了小鼠的存活率(图5D和图5E)。而进一步用原位E0771-GPC3模型评估发现传统的SFV-εT细胞和CAR T细胞无法控制肿瘤的进展,然而7sFv-εT细胞仍表现出比其他细胞更快的抗肿瘤作用,并最终几乎完全消除肿瘤(图5G和图5H)。在Hepa 1-6-GPC3模型中检测细胞因子的释放,发现在外周血中,sFv-ε和7sFv-εT细胞比BBζ CAR T细胞产生或诱导更低水平的IFNγ、TNFα 和 IL6。而在肿瘤组织里,与CAR T细胞相比,上述两种细胞具有产生更少IFNγ和TNFα的趋势(图5I)。结果表明,sFv-ε和7sFv-ε T细胞与CAR-T细胞相比,可能降低免疫活性宿主的CRS风险。

    图5 小鼠28ζ CAR、BBζ CAR、sFv-ε和7sFv-ε T细胞的抗肿瘤活性和细胞因子产生的特性

    6.IL7的共表达提高了小鼠7sFv-εT细胞的持久性,并在体内诱导了免疫记忆

    为了阐明7sFv-ε T细胞抗肿瘤能力增强的机制,研究了T细胞在Hepa 1-6-GPC3模型中的持久性。如图6A和6B所示,7sFv-ε和28ζ CAR-T组比sFv-ε和BBζ CAR-T组有更多的CD4+ T细胞。7sFv-ε T细胞增加了CD8+ T细胞和9F2+ T细胞的积累,其次是sFv-ε,28ζ CAR-T和BBζ CAR-T细胞。7sFv-ε T细胞组的转导基因拷贝数显著高于其他T细胞工程组(图6C)。此外,7sFv-ε T细胞组的肿瘤浸润CD8+细胞颗粒酶B表达升高,表明其抗肿瘤的细胞溶解能力增强(图6D)。7sFv-ε T细胞处理的小鼠脾脏中9F2+ T细胞存活率最高(图6E)。鉴于这些发现,7sFv-ε T细胞抗肿瘤能力的提高应该至少部分归因于输入的T细胞的持久性增加。在用7sFv-ε T细胞去除原发肿瘤后,在小鼠的两侧胁腹重新注射Hepa 1-6-GPC3细胞(图6J)。7sFv-ε T细胞处理组小鼠与对照组比较表明,在持续4周以上的全部6只小鼠中,肿瘤均立即消除,这表明7sFv-ε T细胞治疗可以提供长期保护,防止肿瘤复发(图6K)。

    图6 7sFv-ε T细胞治疗提高了T细胞的持久性和免疫记忆

    研究结论

    sFv-ε可以显著降低相对于CARs的T细胞自激活,并介导抗原特异性TCR样信号。与28ζ和BBζ CAR-T细胞相比,人类和小鼠的传统sFv-ε T细胞在减少细胞因子产生的同时表现出相同或更强的抗肿瘤疗效。GPC3特异性7sFv-ε T细胞进一步提高了抗肿瘤免疫功能,同时保留了CRS相关细胞因子的低产量,提示它可能是一种有效、安全的实体肿瘤治疗策略。

    参考文献:

    Yansha Sun, Yiwei Dong, Ruixin Sun, Yifan Liu, Yi Wang, Hong Luo, Bizhi Shi, Hua Jiang, Zonghai Li,Chimeric anti-GPC3 sFv-CD3ε receptor-modified T cells with IL7 co-expression for the treatment of solid tumors,Molecular Therapy - Oncolytics,Volume 25,2022,Pages 160-173,ISSN 2372-7705,https://doi.org/10.1016/j.omto.2022.04.003.

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