1.用于寒凝头痛
吴茱萸辛散苦泄，性热祛寒，主入肝经，既散肝经之寒邪，又疏肝气之郁滞，治中寒肝逆之厥阴头痛、干呕吐涎沫、苔白脉迟等，每与生姜、人参等温中降逆之品同用，如《伤寒论》吴茱萸汤。
四川名老中医余国俊先生治疗头痛伴恶心、呕吐清水或稀涎之患者，无论是否具备肝胃虚寒、浊阴上逆之全身证候和舌脉（如四肢欠温，脘腹怯寒或冷痛，舌淡苔白滑，脉弦沉或弦迟），均首选吴茱萸汤，屡试不爽，从未败事。并提倡运用原方，初服时吴茱萸15g、生姜15g、人参30g、大枣30g，中病可酌减。
2.用于寒湿脚气
吴茱萸辛热苦燥，既能燥湿散寒，又能止痛，治外感风湿流注，脚肿疼痛不可忍，或脚气入腹，困闷腹胀者，用之解郁滞、除寒湿，可与木瓜同用，如《备急千金要方》苏长史茱萸汤；亦可与紫苏叶、槟榔、木瓜、生姜同用，如《证治准绳》鸡鸣散。一般用量为5～10g。
3.用于痛经
吴茱萸辛热祛寒，主入肝经，既善散寒止痛，又能疏肝行气，用于肝寒气滞、胞宫寒冷而致月经后期，经行腹痛者，用之温肝行气止痛，可与当归、白芍、桂枝、甘草同用，如《金匮要略》温经汤。一般用量为5～10g。
4.用于疝气
吴茱萸主入肝经，既善散寒止痛，又可疏肝气之郁滞，用于肝肾寒气而致小肠疝气、偏坠搐痛，或外肾硬肿、日渐滋长者，用之温肝行气、散结止痛，可与泽泻为丸服，如《太平惠民和剂局方》夺命丹；亦可与小茴香、川楝子同用，如《证治准绳》导气汤、《太平惠民和剂局方》胡芦巴丸。一般用量为5～10g。
5.用于胃寒呕吐
吴茱萸辛散苦泄，性热祛寒，善能散寒止痛，还能疏肝解郁、降逆止呕，兼能制酸止痛。常与干姜、甘草同用，治霍乱心腹痛，呕吐不止，如《圣济总录》吴茱萸汤；与半夏、生姜等同用，可治外寒内侵、胃失和降之呕吐。一般用量为5～10g。
6.用于吞酸
吴茱萸善于疏肝下气而止呕制酸，配伍黄连，可治肝郁化火，肝胃不和之胁痛口苦、呕吐吞酸，如左金丸《丹溪心法》。一般用量为3～5g。
冯先波先生善用左金丸治疗胃部疾病，凡见反酸、胃脘部灼热疼痛（如辣椒的刺激不适感）、口干等现代医学如胃炎、十二指肠溃疡、胆汁反流性胃炎属于肝胃郁热型的均以左金丸为主方治疗，往往3剂即能明显缓解症状。
7.用于泄泻
吴茱萸性味辛热，能温脾益肾、助阳止泻，治脾肾阳虚，黎明腹痛泄泻者，用之温肝散寒以疏土，常与补骨脂、肉豆蔻、五味子等同用，如《内科摘要》四神丸；
用于肝郁乘脾、运化失职而腹痛肠鸣，泄泻不止，米谷迟化者，用吴茱萸温肝理气止痛，常与黄连、白芍同用，如《太平惠民和剂局方》戊己丸。一般用量为5～10g。
焦树德教授用四神丸治疗脾肾虚泄，再适当配合一些应证药物即确有疗效。焦老常用四神丸加炒白术、茯苓、党参、木香、炒白芍、槟榔、炒黄柏、炒灶心土（煎汤代水）等，随症加减，用于慢性肠炎、肠功能紊乱等疾病，确能取得一定疗效。
对于小儿腹泻，可取吴茱萸研细粉，用白酒调成糊状，稍加热后敷于脐部。用纱布包裹，胶布固定，一天更换1次。
用该法治疗婴幼儿泄泻，特别是口服抗生素类药无效的患儿，多于应用后3天内见效。需指出的是，本品为辛热之品，只能用于虚寒泄泻，否则易关门留邪，延长病程。
8.用于肝阳上亢证
吴茱萸入肝经，而涌泉穴系足少阴肾经之井穴，主治头痛、头眩、口舌生疮等肝阳上亢证。用吴茱萸敷其穴上，采用上病取下之法，通过滋肝潜阳、引热下行而达缓解肝阳上亢之目的。正如《本草纲目》所云：“吴萸，其性虽热，而能引热下行。”
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