Linux下安装软件

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阿里云安装镜像为ubuntu 16.04，因此软件管理系统与centos不同，且自带bzip2。

bzip2.png

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miniConda的安装

conda多用作python的软件包管理器，尤其是anaconda自带很多python的包。miniConda是anaconda的精简版，在此用作未来生信学习的软件包管理。

image.png

安装采用从官网下载的sh文件进行编译安装。

downloadMiniConda.png

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

installMiniconda.png

安装后需要重启服务器或激活bashrc环境变量

source ~/.bashrc

为了下载更快，因此添加中科大的源

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的基础命令

miniCondaSuccess.png

conda的基础命令：

#查看软件列表 
conda list
#搜索软件 
conda search XXX
#安装软件 
conda install XXX
conda install XXX -y #静默安装，不用输yes
#卸载软件 
conda remove

配置conda环境

conda可以支持多个软件环境，从而把软件分开。

#查看当前环境 
conda info --envs
#创建环境 
conda create -n rna-seq 
#激活环境 
source activate rna-seq
#在环境中安装软件 
conda remove -n rna-seq fastqc -y

最终安装成功示意

conda环境.png

今天的思维导图

xmindDay3

今天内容感觉好少啊......