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文献学习 【要做笔记】
1.A comprehensive evaluation of normalization methods for illuminating high-thoughput RNA sequencing data analysis

2. Methods to study splicing from high-throughput RNA sequencing data
3. survey of best practices for RNA-seq data analysis
4. hppRNA-a snakelike-based handy parameter-free pipeline for RNA-seq
   analysis of numerous samples
5. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by
   performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
   • RNA sequencing: the teenage years

一、转录组的最佳实践

1.实验设计
2.测序设计
3.质控

核心部分主要是：定量，差异表达分析，解释。更进一步就是联合

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二、应用

• 差异表达基因
  Drug treated vs. untreated cell line
  Wild type versus knock out organism
• 发现新的转录本
• RNA编辑
• 可变剪接
• LncRNA鉴定
• 基因融合
• SNP Indel

三、分析策略

如何选择软件？如何选择参数【要找综述进行参考】!

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四、pipeline

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五、实验流程图

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1.为何要打断？【技术限制，只能测短的】
2.为啥要反转录生成cDNA呢？【RNA不够稳定】

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文库：连接好接头的cDNA，叫做文库，英文为library

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index：一段特定的序列，标记不同来源的样本
6-8个碱基
read2测序引物结合位点：在Index序列的旁边GAT

文库质控

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如何看图？【如果降解了就会被打断，5‘被打断了，5就变短了】

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SBS（Sequencing-By-Synthesis）：

通过单分子阵列实现在小型芯片（Flowcell）上进行桥式PCR
反应。通过可逆阻断技术实现每次只合成一个碱基，再利用
四种带有不同荧光标记的碱基，通过荧光激发/捕获，读取碱
基信息基于可逆终止的、荧光标记dNTP，边合成边测序

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双端测序（容易理解错）

DNA链，除了正向读一遍，还可以从DNA的负向读一遍
将DNA测序的有效长度加长了一倍
Forward strand：read1
Reverse Strand：read2，3'端引物

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参考：https://www.jianshu.com/p/acb7e0e824f5