基因组组装和注释流程 from ChatGPT

【202301】
Q:write a genome assembly and annotation pipeline for each step with bioinformatic tool references

A:基因组组装与注释流程如下：

1. 原始数据处理：

• 长度过滤：使用Trimmomatic（http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic）对长度过短的读长进行过滤。
• 去重：使用FASTX-Toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）对重复的读长进行去重。
• 合并：使用PEAR（https://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/）将同一样品的读长进行合并。

2. 基因组组装：

• De novo组装：使用SPAdes（http://cab.spbu.ru/software/spades/）或ABySS（https://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss）对原始数据进行De novo组装。
• 参考比对：使用BWA（http://bio-bwa.sourceforge.net/）或Bowtie2（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）将组装结果与参考基因组进行比对。

3. 基因预测：

• 基因预测：使用AUGUSTUS（http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/）或SNAP（http://snap.cs.berkeley.edu/）对比对结果进行基因预测。

4. 基因注释：

• 序列比对：使用DIAMOND（https://github.com/bbuchfink/diamond）或BLAST（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）将预测出的基因序列与已知数据库（如UniProt，NCBI NR等）进行比对。
• 功能分配：使用InterProScan（https://www.ebi.ac.uk