这里所提及的软件,均是我在学习过程中遇见了,用过的软件。如果有更好的平替软件,希望各位推荐给小弟哦!
1. Cytoscape -信号通路分析软件
Cytoscape加载界面这是做蛋白互作网络分析常用的软件,
建议到官网直接下载安装哦,
软件的使用率很高,到浏览器中随手一搜就是满满的使用教程,so,慢慢搜吧~
最后推荐两个插件:
- 寻找hub基因 -插件cytohHubba;
-
寻找子网络,寻找每个子网络的hub基因,插件Mcode;
插件安装
2. FunRich-基因功能分析工具
FunRich加载页面全称就很屌的样子:FunRich —— Functional Enrichment analysis tool;(用完发现他值得)
能画Venn图,能做heatmap,
GO,pathway样样行,
还不放过网络图!
最后还能转换ID,以及miRNA相关分析,
如果您需要,还能在FunRich,UniProt,Gene Ontology,Reactome以及Custom五个数据库中来回切换。
FunRich界面
看看这界面,都有点怀疑自己为啥要学R语言(╯▽╰ )好香~~
3.ImageJ-强大的科研绘图软件
界面简答,占地小,功能强!
个人认为这是个可以和PS抢生意的绘图软件。
不仅能完成western blot的灰度分析,提取图片信息,免疫组化分析,还能进行荧光照片的合并、分割,明场图片白平衡,背景校正等等。
功能丰富还操作简单,某乎已经有人将教程整理成册,可以学起来啦!
教程指路:https://zhuanlan.zhihu.com/c_1069243926476673024
4.GetData Graph Digitizer - 图出数据
这是个可以从数据图中读取数据值的软件,在写文献或论文时,总能遇见自己的结果忘记标数据,或者数据图不够美观,需要重新做数据图,而你又记不清原始数据,这时就可以使用这个软件,从数据图中读取数据值。
但,科研是个求真的事情,请合理使用软件功能哦!
2020.09.21
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