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生信/物相关软件(2)

生信/物相关软件(2)

作者: 阿ll | 来源:发表于2020-09-21 10:20 被阅读0次

    这里所提及的软件,均是我在学习过程中遇见了,用过的软件。如果有更好的平替软件,希望各位推荐给小弟哦!

    1. Cytoscape -信号通路分析软件

    Cytoscape加载界面
    这是做蛋白互作网络分析常用的软件,
    建议到官网直接下载安装哦,
    软件的使用率很高,到浏览器中随手一搜就是满满的使用教程,so,慢慢搜吧~

    最后推荐两个插件:

    • 寻找hub基因 -插件cytohHubba;
    • 寻找子网络,寻找每个子网络的hub基因,插件Mcode;


      插件安装

    2. FunRich-基因功能分析工具

    FunRich加载页面
    全称就很屌的样子:FunRich —— Functional Enrichment analysis tool;(用完发现他值得)
    能画Venn图,能做heatmap
    GO,pathway样样行,
    还不放过网络图
    最后还能转换ID,以及miRNA相关分析,
    如果您需要,还能在FunRich,UniProt,Gene Ontology,Reactome以及Custom五个数据库中来回切换
    FunRich界面
    看看这界面,都有点怀疑自己为啥要学R语言(╯▽╰ )好香~~

    3.ImageJ-强大的科研绘图软件

    界面简答,占地小,功能强!

    ImageJ界面
    个人认为这是个可以和PS抢生意的绘图软件。
    不仅能完成western blot的灰度分析,提取图片信息,免疫组化分析,还能进行荧光照片的合并、分割,明场图片白平衡,背景校正等等。
    功能丰富还操作简单,某乎已经有人将教程整理成册,可以学起来啦!
    教程指路:https://zhuanlan.zhihu.com/c_1069243926476673024

    4.GetData Graph Digitizer - 图出数据

    这是个可以从数据图中读取数据值的软件,在写文献或论文时,总能遇见自己的结果忘记标数据,或者数据图不够美观,需要重新做数据图,而你又记不清原始数据,这时就可以使用这个软件,从数据图中读取数据值。
    但,科研是个求真的事情,请合理使用软件功能哦!


    2020.09.21

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