在linux下先放gz文件，用perl脚本，注意输入示例为3B.clonotypes.TRB.txt，表头是：count freq cdr3nt cdr3aa v d j VEnd DStart DEnd JStart。
用7-zip压缩成gzip，不是zip：
cd /mnt/Ocean/Shared/VDJ_pair
perl 1.VDJ.stat.pl 运行
perl 1.VDJ.stat.pl ./ results生成结果
会生成6个文件
新冠的数据生成是空的，做如下处理：
原始文件导入r包immunarch中导出成vdjtools格式，再做处理：
J.start后边4列删除
表头改成count freq cdr3nt cdr3aa v d j VEnd DStart DEnd JStart
H-K列中有NA的替换成-1
E-G列中unknown替换成.
cdr3.aa里na改.
添加到压缩包的时候把文件的WPS关掉
之前txt压缩成gzip，结果是0 。tsv压缩后perl就有结果了。
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2022-10-09
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本文标题：2022-10-09 Perl & VDJ pair
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