一个不争的事实是，几乎每个MES（什么叫MES系统）厂商的老总都有这样的感慨；明明是经过几个月的初期讨论和项目分析，在用户的认可下做好了的MES系统，结果由于企业要求的“二次开发”，系统变得越来越复杂，与最初期望的效果越来越远，最后猛然一看，系统已经完全“变味”了。因此，把握二次开发的原则很重要。
首先要说的是，二次开发的时候，不要过多的强调企业自身的特点，MES软件中的管理流程是从许多企业中提炼出来的，具有先进性。许多企业的"特殊之处"都是由于流程自身的不合理产生的，应该通过MES的实施，对企业进行业务流程优化或重组，而不是一味修改软件以适应不合理的流程。
其次，在二次开发中，应该把“不要修改核心代码”作为基本原则。一般来说，应该把数据从MES中导出，利用二次开发的程序进行处理后，再导入系统。这样可以以最小的变动获得最大的收获。但如果直接修改了核心代码，往后再升级就很困难。
再次，二次开发中，修改不宜过多。深圳MES软件是一个很复杂的大型软件，从软件工程的角度来说，开发者应该保持对项目的可追溯性。如果修改过多的话，这种可跟踪的追溯性将变得模糊不清，最终导致项目不可控。
第四，二次开发的时间性应该控制好，尽量不要在并行运行前就进行二次开发，因为这个时期对MES系统的功能还没有充分了解。
最后，二次开发的另一个基本原则是要对实施起到积极的推进作用。有时一个报表、一个字段用途的改变可能直接影响到该部分功能是否能用起来，在这种情况下，仍需做二次开发，目的也是为了方便操作，减少业务人员的工作量，甚至是起到理顺管理环节的效果。
一般来说，二次开发应该尽量减少或避免。这是因为从事二次开发的人员必须熟悉软件的功能和相应数据库中表的结构，又要充分理解用户的特殊业务流程，这需要一定的时间和工作的，甚至可能会使项目延期；再者，改动软件后还可能出现系统的不稳定性，影响版本升级。
如果必须进行二次开发，则应尽量使得二次开发做出的功能模块独立于原来的MES系统。这样，当MES系统版本更新时，二次开发出来的模块无需修改或者只需较少的修改就可以应用于高版本的MES系统（什么叫MES系统）。
关于如何减少二次开发，用友软件公司提出了标准化的思路。用友MES软件认为，标准化是产品的特性，软件的标准化是建立在精确的数学模型基础之上，将所有企业的共用部分用标准件进行固化。用友在提倡标准化的同时，将二次开发当作实施与售后服务的重点。在软件标准化的基础上，二次开发会大大减少。笔者认为，这种做法是值得提倡的。
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