1.提取个体list
bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt
2.计算近交系数
# 不能有multiallel
bcftools view -M2 -v snps bsz_maf_filtered.vcf > zy-bi.vcf
# 染色体名称不能有字母
awk '{gsub(/gene/,""); print}' zy-bi.vcf > zy1.vcf
awk '{gsub(/.fasta/,""); print}' zy1.vcf> zy_name.vcf
# 将vcf转换为ped、map格式
plink --vcf zy_name.vcf --recode --out snp --double-id --allow-extra-chr
# 计算杂交系数
plink --noweb --file snp --het --out 5 --allow-extra-chr
#计算ROH(连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH))
plink --bfile bsz --homozyg --allow-extra-chr
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