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plink计算近交系数

plink计算近交系数

作者: 铃_0d92 | 来源:发表于2020-12-19 15:04 被阅读0次

    1.提取个体list

     bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt

    2.计算近交系数

    # 不能有multiallel

    bcftools view -M2 -v snps bsz_maf_filtered.vcf > zy-bi.vcf

    # 染色体名称不能有字母

    awk '{gsub(/gene/,""); print}' zy-bi.vcf >  zy1.vcf

    awk '{gsub(/.fasta/,""); print}'  zy1.vcf>  zy_name.vcf

    # 将vcf转换为ped、map格式

    plink --vcf zy_name.vcf --recode --out snp --double-id --allow-extra-chr

    # 计算杂交系数

    plink --noweb --file snp --het --out 5 --allow-extra-chr

    #计算ROH(连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH))

    plink --bfile bsz --homozyg --allow-extra-chr

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