1、 bedtools makewindows -g genome.txt -w 10000000 -s 1000000 > windows.bed
samtools depth xx.sort.rm.bam > depth (1)
利用脚本统计滑动窗口的平均depth
利用R作图.
1
2、bedtools coverage -a gene.bed -b bam -d -counts -sorted > coverage 计算区间的平均测序深度
samtools bedcov gene.bed sample.bam 计算bed区间所有位点测序深度的加和 & 手动算 得到bed文件中的平均测序深度！
与 samtools depth xx.sort.rm.bam > depth (1） 利用脚本统计滑动窗口的平均depth 方法所得结果相同！！！
1、 bedtools makewindows -g genome.txt -w 10000000 -s 1000...
用法1：利用-b 制作bed位置文件，在单个样本中计算这些位置的深度。 Usage: samtools depth...
hg38按照200k分区间统计测序深度及GC含量 以前是自己写脚本： 【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的...
以下统计为个人根据网络可搜集到的资源进行的【测序仪、芯片、芯片通量、测序时间、测序长度】整理，时间通量可能会有出入...
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候...
开始我是用 bedtools coverage 统计。但是 bedtools coverage 用起来有些麻烦，你...
第一步使用bwa将测序结果比对到参考基因组，获得sam格式文件 sam转换为bam并排序 统计测序深度用到的软件是...
作者：山木编辑：angelica Q1：关于GC含量与测序深度（Depth）关联分析统计图，横纵向离群区块的解释。...
统计位点测序深度 新建文件夹 新建脚本前文件 新建脚本 激活并运行脚本 进入结果文件夹
什么是测序深度和测序覆盖度 测序深度（depth）是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，可以理解为基因组中...
本文标题：2022-10-25 统计测序深度整理
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/nuhozrtx.html
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