空间转录组-百创S1000下机数据分析软件BSTMatrix

不知为何官网对于软件结果的说明文件被删除掉了，还好有其他有心人保存了下来

原文在这：https://www.jianshu.com/p/341ff3b3118a

我这自己备份一下方便看

outdir/
├── 01.fastq2BcUmi #步骤1运行结果目录
│ ├── prefix.bc_umi_read.tsv #barcode类型、对应的umi及reads数统计文件
│ ├── prefix.out
│ ├── prefix.type #reads的barcode类型判断文件
│ ├── prefix.type.bc_stat #不同barcode检测统计
│ ├── prefix.type.full_stat #barcode类型对应的reads数、umi数
│ ├── prefix.type.bc_dist
│ ├── prefix.type.pos
│ ├── prefix.type.umi #reads对应的barcode类型及umi
│ ├── prefix.type.qual.stat #reads统计
│ └── prefix.type.stat #barcode检测统计
├── 02.LinkBcChip #步骤2运行结果目录
│ ├── prefix.barcode_pos.tsv #barcode类型对应的芯片位置文件
│ ├── prefix.barcode.tsv #芯片对应的barcode类型文件
│ └── prefix.pos #reads对应的芯片位置及barcode类型文件
├── 03.Umi2Gene #步骤3运行结果目录
│ ├── prefixAligned.sortedByCoord.out.bam #STAR软件比对结果
│ ├── prefix.cut90.fq #剪切成90bp长度的reads文件
│ ├── prefixLog.final.out #STAR软件比对结果信息文件
│ ├── prefixLog.out
│ ├── prefixLog.progress.out
│ ├── prefix.reads_gene.map2gene #reads比对到的基因信息
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info.exon
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info.stat
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info.transcriptome
│ ├── prefix.reads_gene.read2gene
│ ├── prefix.reads_gene.total.stat #reads比对结果统计文件
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info.all_gene_type
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info.stat
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info.transcriptome
│ ├── prefixSJ.out.tab
│ ├── prefix_STARgenome
│ ├── prefix_STARpass1
│ ├── prefix_STARtmp
│ ├── prefix.umi_gene.tsv #barcode对应的umi及基因文件
│ ├── prefix.umi_gene.tsv.info
│ ├── prefix.umi_gene.tsv.un_get_gene_umi
│ └── prefix.umi_gene.tsv.un_get_gene_umi.all
├── 04.MatrixMake #步骤4运行结果目录
│ ├── prefix.matrix.tsv #基因表达矩阵文件
│ └── prefix.matrix.tsv.filt
├── 05.AllheStat #步骤5运行结果目录
├── allhe #he图片
│ ├── he_roi_small.png
│ ├── he_roi.tif
│ ├── roi_heAuto.json
│ └── stat.txt
├── all_level_stat.txt #不同水平的spots统计
├── BSTViewer_project #矩阵文件
│ ├── cluster
│ ├── he.tif
│ ├── imgs
│ ├── level_matrix #分级矩阵
│ ├── project_setting.json
│ ├── roi_groups
│ └── subdata #不同level的稀疏矩阵文件，存储barcode和gene信息，是下游后续分析的主要文件
| ├── L13_heAuto
| ├── L1_heAuto
| ├── L2_heAuto
| ├── L3_heAuto
| ├── L4_heAuto
| ├── L5_heAuto
| ├── L6_heAuto
| └── L7_heAuto
├── heAuto_level_matrix
│ └── subdata
├── level_matrix
│ ├── level_1
│ ├── level_13
│ ├── level_2
│ ├── level_3
│ ├── level_4
│ ├── level_5
│ ├── level_6
│ └── level_7
├── stat.txt
└── umi_plot #umi count图片统计图目录
│ ├── all_umi_count_small.png
│ ├── all_umi_count.tif
│ ├── roi_umi_count_small.png
│ └── roi_umi_count.tif
├── 06.WebReport #步骤6运行结果目录
│ ├── prefix.filelist
│ ├── index.html #网页版报告html文件
│ └── src #网页版报告src目录
└── prefix #收集的基因表达矩阵等文件目录
├── barcode_pos.tsv #barcode类型对应的芯片位置文件
├── barcode.tsv #芯片对应的barcode类型文件
├── bc_umi_read.tsv.gz #barcode类型、对应的umi及reads数统计文件
├── features.tsv #features.tsv文件
└── matrix.tsv #基因表达矩阵文件