前言：

如何使用软件？这还不简单？！

不要告诉我双击打开就好了！

不过这一篇的内容都消化的话，

是可以“读懂”一类型的生信文章的～

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什么是fcGENE？

fcgene软件是一个支持SNP数据管理，质量控制和分析工作流程。

fcGENE的主要命令选项如下：

fcGENE的主要命令选项

想了解更多，可以阅读原文fcGENE: A Versatile Tool for Processing and Transforming SNP Datasets。

好人做到底：这是下载地址～

安装过程看前一话～安装fcGENE软件

说人话！

这就是一个GWAS分析中可能使用到的工具，但是更多的功能，

请自己了解！！

阅读说明书和算法文章是王道！！！是生物信息学的修行！～～

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但是，根据说人话的风格～

我还是会给小白说举个栗子🌰的！～

例如，如何使用BEAGLE工具转化成plink格式？

首先，我们看到文章的Table 1. Major command options of fcGENE.

教你如何看文章哦～

使用BEAGLE工具转化成plink格式需要用到的指令是：

--bgl-gprobs (使用BEAGLE工具) 和 --oformat （转换格式）。

人话：是的，对于小白，我就算给你翻译成中文也看不懂的～

直接上操作～

首先打开Terminal （不要告诉我不知道这是什么.......）

接着cd到数据所在的目录（不要告诉我不知道这是什么.......）

然后，根据fcgene软件所在目录调动软件

我把软件装在这里了（直接拖就好）

然后就是运行常规的指令：

打上“--bgl-gprobs 文件名（拉入需要处理的软件“本例子为：plco_c1.chr1.gprobs.gz”）” 

调动转换程序 --oformat  plink（因为我们要转换成plink格式）

打上--out 给个名字呗～（一号染色体的数据，我叫chr1，自己随便改）

所以全代码如下：

自己的工作目录$ ~Downloads/fcgene-1.0.7/fcgene --bgl-gprobs plco_c1.chr1.gprobs.gz -- oformat  plink --out chr1

没错，目录（一开始cd的那个地方）就会产生一个想要的文件了～～

不需要“高端操作的”，直接忽略分割线下面的内容～

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什么是高端操作？

有没有留意上面的只是处理了一个染色体的数据？

然卵，人是有23对染色体的～～

聪明的人类，总不会1个1个做吧？

这是时候就使用写轮眼了！～

没错！是 写轮眼！（大家支持的话，是有专题的哦！～）

生物信息学中的写轮眼-“发动循环”

就是利用for循环，执行相同的操作啦！～（黑体部分）

例如，对第8到第11个执行这个操作。

for i in {8..11};do XXX; done

自己的工作目录$ for i in {8..11};do ~Downloads/fcgene-1.0.7/fcgene --bgl-gprobs plco_c1.chr$i.gprobs.gz -- oformat  plink --out chr$i; done

注意：有数字的地方都要改成i

有人问，为什么要分开？不直接1到23？

首先这涉及两个问题：

1.你的数据争不争气 —— 有些下载的数据，不放在一起，有些缺失，有些命名不一致！；

2.你的电脑争不争气 —— 你的电脑跑不跑得动啊！～超级计算机的话（什么云什么一号的可能可以）。

以上～