前言

重要的，还是要知道自己在做什么！

为什么要合并数据？

是为了个性化的GWAS分析。plink的指令，只识别“一个”名字的文件（如下图的MY_DATA）。

聪明的你，应该知道我这是在告诉你们“做出MY_DATA“的过程了。

网上的其他教程，您觉得有教吗？ I don't think so！

plink的基本指令

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文接上一回（GWAS分析-说人话（3）打开文件），华丽分割线之后。

当我们把对照组变成1，实验组变成2之后，我们就要合并成一个拿来关联分析的软件了。

网上的教程是这样的：Plink合并文件

合并（merge）文件，当然使用merge指令

好的，说人话！

实际上是怎样的呢？

当然是要根据自己想合并的文件格式（我说过很重要！GWAS分析-说人话（2）认识文件名），选择相应的指令格式。

合并数据之前，如果是亚组分析，记得改fam文件第六行的值哦！！（GWAS分析-说人话（4）打开文件GWAS分析-说人话（4）打开文件）

（框框里是直接复制的指令，按需修改加粗部分就可以了，大神忽略框框下的内容就好。）

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --noweb --bfile /Users/seedson/sclschr220191101 --bmerge controlchr220191101.bed controlchr220191101.bim controlchr220191101.fam --allow-no-sex --make-bed --out mergefilesclcvscontrol

接下来就是一个一个指令解析（够人话，够粗暴，够通俗易懂了吧？给我点个赞呗～）

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink #我电脑放plink的位置，你要告诉terminal软件在哪里，才会跑啊，你以为鼠标双击哦！～

--noweb #跳去基于Web的版本检查（无所谓，无关痛痒）

--bfile /Users/seedson/sclschr220191101 #这是我想合并的文件位置（告诉你个小秘密哦，直接在文件夹上鼠标选中，拖到terminal中就可以了哦！ 不要自己打字！～）

--bmerge controlchr220191101.bed controlchr220191101.bim controlchr220191101.fam #本例，我们想合并的对照组文件（bed，bim，fam一家人都在哦）（我说过很重要！GWAS分析-说人话（2）认识文件名）。

--allow-no-sex （我的数据没有性别的数据，所以没有这个指令会报错（如下），合并不了），所以如果你的数据有性别信息，这个指令就可以不用了。

报错画面

--make-bed  #这个指令就是在它之前的操作之后，创建一个新的PLINK 1二进制文件集（还记得我说过，这个文件是人看不到的吗？）。

--out mergefilesclcvscontrol  #这个指令就是你想输出文件的名字了。

运行成功的画面（好一个done！） 相应的文件夹就会自动生成合并后文件了。

合并成功

以上！～