GFF文件转化为GTF并用于featureCounts计数

作者: 嘿嘿嘿嘿哈 | 来源:发表于2024-10-16 10:04 被阅读0次

有时候进行比对的物种没有GTF文件，需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数，这时需要用到gffread这个软件，进行以下操作：

conda install -y -c bioconda gffread
gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf

RNA-seq数据分析一：(HISAT2+featureCoun
将 gff 文件转成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件) 构建参考基因组的索引文件 hisa...
山羊转录组GFF文件与GTF格式转换
GFF文件与GFF文件来源 1.1 GFF文件来源 1.1 GTF文件来源 GFF文件与GTF文件格式 2.1 ...
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基因组注释文件GTF/GFF格式的介绍 GFF 2 -> GTF -> GFF 3 The GTF ...
gff和gtf之间转换
用gffread进行转换 1.gff格式转gtf 2.gtf转gff
生信软件下载网站
1.序列比对软件 2.处理GTF/GFF文件 3.kmer计数软件 4.bwa,samtools,bcftools...
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gffread 不仅可以实现GTF与GFF的互相转换，而且还可以对GFF文件进行过滤处理。可以直接读取GTF文件。...
技巧 | GFF 转 GTF / GFF 转 GTF
关于 GFF 转 GTF，使用 gffread 会自动丢失一些信息，如 UTR 。此处，可以使用 NBISwed...
annovar：使用gff文件自建数据库注释
1、gff文件转换gffread：将gff文件转换为gtfgtfToGenePred：将gtf转换为GenePre...
NCBI gff/gff3 转换为 gtf 格式
适用于 NCBI 数据库中 gff 格式文件转换为 gtf 格式，使用 perl 代码实现：
gff格式与gtf格式转换——gffread
gff和gtf格式都可以储存基因信息，但是不同的软件对于文件格式的要求不同。关于gff文件和gtf格式的详细介绍...