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⑩📚[目录]哈医大数据库⑨LncRNA Ontology、Bio

⑩📚[目录]哈医大数据库⑨LncRNA Ontology、Bio

作者: 郑宝童 | 来源:发表于2019-07-02 21:19 被阅读0次
    1. 哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
    2. 哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
    3. 哈医数据库③LncMAP、LNCat
    4. 哈医数据库④CellMarker、GPA
    5. 哈医数据库⑤TIP、SEECancer
    1. 哈医数据库⑥LnChrom、DiseaseEnhancer
    2. 哈医数据库⑦miRNA targets、NSDNA
    3. 哈医数据库⑧Ubetis-LncDB、LincSNP

    • LncRNA Ontology旨在根据染色质状态和表达模式推断lncRNA的功能。 总共9种组蛋白修饰标记(H2A.Z,H3K4me1 / 2/3,H3K9ac,H3K27ac,H3K9me3,H3K27me3和H3K36me3)与13种不同人类细胞类型中lncRNA和mRNA的转录起始位点(TSS)相关(and their expression were considered)。 我们使用nearest shrunken centroid algorithm,我们为每个Gene Ontology term建模,使用了10 profiles of mRNAs 分析,并证明将色谱状态与转录特征相结合可以产生比单个数据集模型训练更好的基因功能预测。 通过应用我们的基于染色质的模型,预测了超过97%的人类lncRNA的可能功能。 我们基于基因本体的层次结构( hierarchical structure of gene ontology)开发了** LncRNA Ontology(LO)**。 LO为用户提供查看lncRNA的预测功能的资源。
    • 用户可以在LncRNA Ontology. 中搜索和下载查询lncRNA或 term的lncRNA-term关联
      点击"Help" 可以获取 LncRNA Ontology的更多细节信息.
    LncRNA Ontology

    相关文献
    LncRNA ontology: inferring lncRNA functions based on chromatin states and expression patterns


    • 21.BioM2MetDisease
      • 简介 :BioM2MetDisease数据库存储了microRNA,代谢物,小分子和代谢疾病之间的关联
    • BioM2MetDisease是一个数据库,旨在建立各种代谢疾病和生物分子之间的关联。 在目前的版本中,BioM2MetDisease提供了2681个手动收集的关联,包括524个miRNA和45个代谢疾病之间的关系; 281种代谢产物和35种代谢疾病; 来自近1300篇已发表文献的14种物种中的349种小分子(或药物)和57种代谢疾病(不同物种中的相同生物分子仅计数一次)
    • Metabolic disease also known as metabolic disorder, 已成为人们健康的主要威胁之一。 新出现的证据表明,代谢疾病与多种生物分子的异常水平有关。
    • MicroRNA是一种含有约22个核苷酸的小型非编码RNA分子,其在RNA沉默和post-transcriptional regulation of gene expression起作用。 有证据表明,microRNA在许多人类疾病中起着关键作用,包括代谢疾病。
      代谢产物是新陈代谢的中间体和产物,它直接反映生物系统的生理状态。 越来越多的证据表明,代谢产物也与代谢疾病密切相关。
      小分子(或药物)可以调节多种生物过程,并已被用于治疗人类疾病。


      BioM2MetDisease

    相关文献:
    BioM2MetDisease: a manually curated database for associations between microRNAs, metabolites, small molecules and metabolic diseases

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