燕王明里装病，防备朱允炆。暗中加紧练兵，做着夺取皇位的准备。
齐泰、黄子澄对燕王的病情仍有所怀疑，多次劝朱允炆要加以警惕。朱允炆也在加紧调兵遣将，加强了对朱棣的防备。
次年，燕王府护卫倪谅告发燕王在暗中行事，图谋造反。朱允炆马上下令逮捕燕王府官员及其家属，还让北平驻军将领谢贵、张昺率军围攻燕王府，又约定燕王府的一些官员做内应，秘密命令北平都指挥使张信带兵逮捕朱棣。
谁知张信燕王这边的人，他给燕王通风报信。燕王一得到消息，就密谋布置。他先把谢贵和张昺两人诱入府中杀掉，再把府内皇帝内应抓起来。接着，他来了个先发制人，率先宣布起兵。
燕王是个十分精明的人，他深知朱允炆是个名正言顺的皇帝，如果自己公开打出反叛的旗号，必对自己不利。于是，他以“清君侧”为名，借着帮助建文帝朱允炆除掉奸臣为由起兵。
朱棣本就是一位久经战场的将领，手下本就有一支长期严格训练的精兵，再加上他驻扎北平已经很久，苦心经营多年，附近的各郡等都受他的统辖，他一起兵，就得到各方响应，士气十分旺盛。他很快就率兵攻取了荀州、怀来等地。
朱允炆虽然处在正统的有利地位，但他想法不切实际，又懦弱、优柔寡断，根本不是燕王的对手。再者，明朝的许多开国元老都已被多疑的朱元璋诛杀，朱允炆手下也缺少精兵强将。许多官员、太监见大事不妙，纷纷投靠了燕王。
朱允炆害怕起来，连忙撒了黄子澄、齐泰的职，并派人求燕王退兵。燕王此时怎么可能罢休，他率兵一路冲杀，势如破竹。燕军节节胜利，士气越来越高。
建文三年,燕王率军大举南下，朱允炆派兵北征，双方在山东和中原地区反复争夺，互有胜负。燕军攻打灵璧，遇到了南军的顽强抵抗，双方打得难解难分。这时，燕军有些踌踏不前，有些将领提出暂时撤兵。燕王坚决不同意，斩钉截铁，只进不退，断了后路。没多久，燕军发起突然袭击，打得南军一败涂地。
朱允炆无计可施，又派人和燕王议和，愿意赐封土地，请求退兵。燕王眼看京城唾手可得，自然不愿罢休，坚定回绝，同时加紧进攻。次年，燕军誓师直指应天。朱允炆见兵临城下，形势危急，命令手下将士死守。可没过几天，应天守将李景隆等人就打开金川门投降，城被攻破。
燕王率领军士进城，文武百官纷纷在道路两旁跪着迎接。燕军进城后，只见皇宫内熊熊大火正在燃烧。燕王马上派人把大火扑灭，可是已经烧死了不少人。他便查问朱允炆的下落。有人说，燕军进城前，朱允炆就跳到火里自焚而死。也有人说，朱允炆从地道逃脱。究竟是死是活，众说纷纭，目前还是一个解不开的谜团。
历史上把明朝的这次内战叫作“靖难之役”，靖难就是平定内乱的意思。经过3年作战，燕王朱棣终于在1402年夺得了梦寐以求的皇位，史称明成祖。后来，明成祖迁都北京。自那时候起，北京成了明朝的都城。
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