操作系统：Win7
perl: Strawberryperl

由于circos 软件使用的perl 语言系统编译的，因此需要先安装perl 。

第一步，下载perl软件：

打开： http://www.perl.org。然后选择download菜单，选择合适的操作系统。
Windows 用户 直接打开 http://strawberryperl.com/ 进行下载安装就可以。

第二步，下载circos 软件：

： 到官网 http://circos.ca/software/download/ 下载最新版本并解压。
前面的都很简单，下面要开始最难的部分了，这部分要在CMD中运行，需要用到CMD 的命令（其实最主要的就是cd 命令，在不同文件夹内进行跳转，不会的同学自行百度）。

第三步，安装 modules ：

官网的[安装说明]：
(http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/perl_and_modules/)
可能由于版本升级，官方版有错误。
首先在CMD里运行cd 切换到circos的安装主目录下，之后运行
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf
这时候会报错，提示你missing 各种module ，大概十几个吧，没办法一个下载安装吧。
打开 CPAN 网站，输入需要下载的module 名称。
打开搜索结果，

image.png
下载至 circos 安装目录 中lib 文件夹。
官网还提示可以有其他方式，我没有看，有兴趣的小伙伴可以研究下。
Many module installation tutorials are already available.
安装Modules 主要用Makefile.PL 或者 Build 。
不同的Module，需要使用的安装方式不一样，所以两种都要掌握。

第一种方式：Makefile.PL

To install a module that uses the `Makefile.PL` system, such as [Set::IntSpan](http://search.cpan.org/~swmcd/Set-IntSpan-1.16/IntSpan.pm).
# 下载module包，自己手动下载或者用下面的代码（一定下载到 lib 文件夹内）。
> wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/S/SW/SWMCD/Set-IntSpan-1.16.tar.gz
# 第三方软件解压或敲代码解压如下
> tar xvfz Set-IntSpan-1.16.tar.gz
#  跳转到解压的文件夹
> cd Set-IntSpan-1.16
# 开始安装
> perl Makefile.PL
Checking if your kit is complete...
Looks good
Writing Makefile for Set::IntSpan
## 官网资料是用`make`命令，但测试行不同，用的 `gmake`，也很简单把所有make 换成gmake 就可以。
> gmake
cp IntSpan.pm blib/lib/Set/IntSpan.pm
Manifying blib/man3/Set::IntSpan.3
> gmake test
PERL_DL_NONLAZY=1 /home/martink/perl/5.10.0/bin/perl "-MExtUtils::Command::MM" 
   "-e" "test_harness(0, 'blib/lib', 'blib/arch')" t/*.t
t/binary.t .... ok       
t/bsearch.t ... ok       
...
t/spans.t ..... ok       
t/subclass.t .. ok     
t/unary.t ..... ok     
All tests successful.
Files=18, Tests=1931,  0 wallclock secs ( 0.28 usr  0.03 sys +  0.36 cusr  0.06 csys =  0.73 CPU)
Result: PASS
# install (keep in mind file permission requirements, as described below)
> gmake install

第二种方式：Build

如果没有Makefile.PL 就只能用Build，代码也很相似。
Modules like Params::Validate use the Build system and are installed as follows.

#下载module包，自己手动下载或者用下面的代码
> wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/D/DR/DROLSKY/Params-Validate-0.95.tar.gz
# 解压压缩包
> tar xvfz Params-Validate-0.95.tar.gz
#跳转至解压目录
> cd Params-Validate-0.95
# 开始安装
> perl Build.PL
Creating new 'MYMETA.yml' with configuration results
Creating new 'Build' script for 'Params-Validate' version '0.95'
##官网说明中用的命令是`./Build`，无法执行，要去掉前面的'./'。
>Build
Building Params-Validate
cc -Ic -I/home/martink/perl/5.10.0/lib/5.10.0/x86_64-linux/CORE -DXS_VERSION="0.95" 
   -DVERSION="0.95" -fPIC -c -fno-strict-aliasing -pipe -D_LARGEFILE_SOURCE 
   -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -I/usr/include/gdbm -O2 -o lib/Params/Validate.o lib/Params/Validate.c
ExtUtils::Mkbootstrap::Mkbootstrap('blib/arch/auto/Params/Validate/Validate.bs')
cc -shared -O2 -o blib/arch/auto/Params/Validate/Validate.so lib/Params/Validate.o
> Build test
t/01-validate.t ............ ok     
t/02-noop.t ................ ok     
t/03-attribute.t ........... ok    
...
t/30-hashref-alteration.t .. ok   
t/kwalitee.t ............... skipped: This test is only run for the module author
t/pod-coverage.t ........... skipped: This test is only run for the module author
t/pod.t .................... skipped: This test is only run for the module author
All tests successful.
Files=32, Tests=497,  1 wallclock secs ( 0.10 usr  0.04 sys +  0.78 cusr  0.13 csys =  1.05 CPU)
Result: PASS
# install (keep in mind file permission requirements, as described below)
> Build install

在circos 主文件夹下，可以运行perl .bin\circos -modules 命令查看安装好的modules.

image.png

安装完成

将所有missing 的modules 安装完成后，再运行perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf 这时候应该不会报错了，如果还有报错，重复上安装过程。

截图2
注：文中的代码部分来自官网，我只进行了命令行及说明的更改，其他没变。
另外，我大包了下载的所有modules 包，传到了百度网盘：
提取码：zili