美文网首页
figtree 简洁好用绘制进化树 | 生信分析常用GUI软件介

figtree 简洁好用绘制进化树 | 生信分析常用GUI软件介

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-05-07 15:00 被阅读0次

不时,我们手上会拿到一些进化树或聚类树文本,往往是 newick 格式,比如

(((A,B),C),(D,E));

其中记录了不同单元的关系远近。可视化进化树,可以让我们更直观地进行分析。可选的软件有很多,但其中最简单便捷的,那么是 Figtree。

Figtree 的安装与配置

Figtree 是一个 Java 软件,只要系统环境中可以找到 JVM ,那么就可以直接执行。
相关程序安装包已上传过到公共仓库,请自行下载。


进入Figtree文件夹

解压对应zip压缩包即可

找到可执行文件,双击即可运行

Figtree 的简单使用

直接从File 菜单导入进化树,可以导入前述构建的 AtARF.pep 的 NJ 树。




剩余内容调整其他



一般按照自己需要进行摸索即可,实际并不需要什么教程

写在最后

figtree 或许是目前我见过最简单简洁的进化树可视化软件,没有太多废话,自然也没有那么丰富的功能。有时候,核心功能就够用了。
当然,主要原因是,这个软件本身其实只是配套来可视化另一个软件的进化树输出结果。我想,作者真没把这个软件当回事,但是这个软件,真的好用。
至于共享软件仓库,请参考

https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44

相关文章

  • 服务器上安装Rstudio-server

    R语言是生信分析、数据挖掘最常用最好用的软件之一,得到了广大生信工程师、数据分析师的厚爱。Rstudio 是 R ...

  • 【R语言】ggtree绘制进化树

    绘制进化树的方法有很多,入门的MEGA。美化比较好用的,也是我经常用的工具如iTOL,evolview等。 今天测...

  • 进化树美化软件figtree的使用

    老师虽然只让构建ML和贝叶斯进化树,没有要进一步美化进化树,自己先学着,为以后使用留个底。我使用的软件是figtr...

  • 系统发育(进化)树绘制小结

    1.分析软件 很多很多软件,最常用的有: Mega PHYLIP 构建进化树一般的步骤是:序列比对,构树(距离法,...

  • RaxML使用手册

    标签:生信分析,系统发育,进化树 RaxML是最大似然法(ML法)建树的经典软件,可以建有根树,支持服务器上多...

  • RaxML使用手册

    标签:生信分析,系统发育,进化树 RaxML是最大似然法(ML法)建树的经典软件,可以建有根树,支持服务器上多线程...

  • 进化树作图专题4:在线绘树工具盘点

    montreal生信人2018-02-27 大家好!上期生信人的《进化树作图专题》我们盘点了绘树的本地软件,本期我...

  • 生信入门学习笔记 day2@2021.6.27

    Linux入门 生信分析需要借住软件,软件运行需要平台/操作系统,常用的如win、mac,图形界面占据大量运行资源...

  • 2019-04-16

    简单的利用R语言绘制进化树(模仿笔记) 必备软件:treeio,ggtree。需要首先安装Bioconductor...

  • 年引用量数千的经典软件MEGA又出新版本啦 18年5月

    Originalmontreal生信人2018-05-25 风靡全球的系统进化树操作软件MEGA 又出新版本啦! ...

网友评论

      本文标题:figtree 简洁好用绘制进化树 | 生信分析常用GUI软件介

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ofohsdtx.html