Genewise是Wise2软件的核心程序，在官网上自我介绍时说自己是 Ensembl的pipeline 程序，有网友提到这是一个非常老的软件，最新版本开发出来也有10多年了，但是目前还是有很多公司用他进行基因组注释，我也只好先安装，过段时间有数据了好重复一下公司给反馈的结果。因为时间的原因，这次只记录安装过程。 Genewise主要用于将蛋白质序列和DNA序列进行比对，从而对DNA序列上的编码区进行预测。
软件下载及安装
1.官网下载地址https://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/$ wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz
$ tar -zxvf wise2.4.1.tar.gz
$ cd wise2.4.1/src
2.然后将将src目录下所有makefile中的glib-config替换成glib-2.0 $ find . -name makefile | xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config glib-2.0/' 3.替换genewise使用库中函数名发生改变的部分，例如getline,现在是getline_ReadSeqVar $ perl -p -i -e's/getline/getline_ReadSeqVars/g' ./HMMer2/sqio.c $ perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/'models/phasemodel.c 4. 将csh改成sh $ perl -p -i-e's/csh welcome.csh/sh welcome.csh/' makefile 5. make编译 $ make all, 后会显示下图，然后注意红框部分，建立一个运行环境，路径也给你写好了（还算友好）。
$ export WISECONFIGDIR=/public/home/lvqiang/software/wise2.4.1/wisecfg/ 当然，后面加入不加入环境变量看个人习惯了，一些不是很常用的软件，我觉得没必要往里加，进入bin/目录： $ ./genewise -help 看一下，如下图，显示帮助信息，安装成功：
里面参数含义及使用办法，结果解读，等我有了自己数据时再写一篇详细介绍了。 附：发现用手机看，命令行部分会出现排版问题，复制链接到网页就没问题了，刚开始学习阶段，时间比较紧张，以后逐步提高文章质量吧。
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