将SAM文件转换为BAM文件：首先，将SAM文件转换为BAM文件，这样更容易处理。可以使用samtools进行转换：
samtools view -bS input.sam > input.bam
从BAM文件中提取比对上的reads：使用samtools，你可以从BAM文件中提取比对上的reads。在此示例中，我们假设比对上的reads具有flag值不为4：
samtools view -b -F 4 input.bam > mapped.bam
将比对上的reads转换为双端FASTQ文件：使用samtools的fastq命令，你可以将比对上的reads从BAM文件中提取并输出为双端FASTQ文件：
samtools fastq -1 mapped_1.fq -2 mapped_2.fq -s mapped_singles.fq mapped.bam
这将从mapped.bam中提取比对上的reads，并将它们保存为两个双端FASTQ文件（mapped_1.fq和mapped_2.fq），以及一个单端FASTQ文件（mapped_singles.fq）。
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本文标题：从SAM文件中提取已比对的reads并输出为双端FASTQ文件
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