在之前分享的文章中有这样一张图，文章在10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较,大家可以看看。

我们来复现一下

下载，加载包

install.packages("UpSetR")

library(UpSetR)

一、输入数据

input = list(

set1 = paste(rep("word_" , 10) , sample(c(1:100) , 10 , replace=F) , sep=""),

set2 = paste(rep("word_" , 20) , sample(c(1:100) , 20 , replace=F) , sep=""),

set3 = paste(rep("word_" , 10) , sample(c(1:100) , 10 , replace=F) , sep=""),

set4 = paste(rep("word_" , 40) , sample(c(1:100) , 40 , replace=F) , sep=""),

set5 = paste(rep("word_" , 50) , sample(c(1:100) , 50 , replace=F) , sep=""))

二、集合图-基础

upset(fromList(input))

三、集合图-参数调整

1 修改排序、坐标系、标签等参数

upset(fromList(input),

order.by = "freq", # 主坐标系排序

number.angles = 0, # 柱标倾角

point.size = 3, # 点大小

line.size = 1, # 线粗细

mainbar.y.label = "Count of Intersection", # y 标题

sets.x.label = "Datasets Size", # x 标题

text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),

# y 标题大小

# y 刻度标签大小

# dataset size 标题大小

# dataset size 刻度标签大小

# dataset size 分类标签大小

# 柱数字大小

)

2 按数据集排序

upset(fromList(input),

order.by = "freq", # 主坐标系排序

number.angles = 0, # 柱标倾角

point.size = 3, # 点大小

line.size = 1, # 线粗细

mainbar.y.label = "Count of Intersection", # y 标题

sets.x.label = "Datasets Size", # x 标题

text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),

# y 标题大小

# y 刻度标签大小

# dataset size 标题大小

# dataset size 刻度标签大小

# dataset size 分类标签大小

# 柱数字大小

group.by = "sets", # 按dataset排序

)

四、指定交集上色

upset(fromList(input),

order.by = "freq", # 主坐标系排序

number.angles = 0, # 柱标倾角

point.size = 3, # 点大小

line.size = 1, # 线粗细

mainbar.y.label = "Count of Intersection", # y 标题

sets.x.label = "Datasets Size", # x 标题

text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),

# y 标题大小

# y 刻度标签大小

# dataset size 标题大小

# dataset size 刻度标签大小

# dataset size 分类标签大小

# 柱数字大小

group.by = "sets", # 按dataset排序

queries = list(

list(query=intersects, params=list("set4", "set5"), color="red", active=T),

list(query=intersects, params=list("set2", "set5"), color="blue", active=T))

# active T 柱染色 F 柱上标记

)