使用jcvi展示两个染色体组共线性关系

一、安装

JCVI依赖的东西非常多，不管是直接编译还是用conda都需要额外安装别的软件，建议还是用conda安装。

conda create -y -c bioconda -n JCVI jcvi
conda activate JCVI
conda install -c bioconda bedtools
conda install seqkit emboss
conda install last

二、准备文件

gff文件和cdna文件

三、运行程序及结果展示

###gff转bed
###注意--key，自己的数据用的是--key=ID，需要和后面的cds数据保持一致
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=transcript_id Oryza_sativa.IRGSP-1.0.44.gff3 > Osa.bed

python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=transcript_id Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.gff3.gz > ath.bed



# 提取cds
gffread in.gff3 -g ref.fa -x cds.fa
# 获得pep，自己的数据没用这步
gffread in.gff3 -g ref.fa -y pep.fa

###提取pep，自己的数据没用这步
seqkit grep -f <(cut -f 4 osa.uniq.bed ) Oryza_sativa.IRGSP-1.0.pep.all.fa.gz | seqkit seq -i > osa.pep



###画图
python -m jcvi.compara.catalog ortholog --no_strip_names ath osa

测试同线性模式是否确实是1:1

python -m jcvi.compara.synteny depth --histogram halleri.lyrata.anchors

自己的结果

画共线性图：

###创建simple文件：

python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple ath.aly.anchors ath.aly.anchors.new


###画图
python -m jcvi.graphics.karyotype seqid layout

>配置文件：

layout：

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .6,     .1,    .8,       60,      red, H7L1, top, H7L1.bed
 .4,     .1,    .8,       0,      blue, H7L27, top, H7L27.bed
# edges
e, 0, 1, H7L1.H7L27.anchors.simple



seqid:
Chr01,Chr02,Chr03,Chr04,Chr05,Chr06,Chr07,Chr08,Chr09,Chr10,Chr11,Chr12
Chr01,Chr02,Chr03,Chr04,Chr05,Chr06,Chr07,Chr08,Chr09,Chr10,Chr11,Chr12

自己的结果1 自己的结果2 水稻和拟南芥共线性图

参考链接：

JCVI(Python版MCScan)使用记录 - 简书 (jianshu.com)
【比较基因组】共线性分析（JCVI） - 简书 (jianshu.com)

基因家族分析（9）物种间的共线性分析及jcvi绘图 - 简书 (jianshu.com)