miRTarbase简介

miRTaebase是台湾搞的一个专门收集有实验证据支持microRNA及其靶基因间关系的数据库，虽然收录数据不多但是还是蛮好用的，抽了点时间把资料整理了一下。整个数据库内容下载下来一张Excel表也就搞定了。在网页上用miRgene等搜索也很方便，关键是有文献啊！用其中一部分人的数据记录验证了一下TargetScan、miRanda、miRDB等几个常用的microRNA靶基因预测工具，发现还是TargetScan最好用。

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

术语：MITs: microRNA-target interactions

人工文献检索的方式

实验：

Western blot

Report assays

pSILAC（pulsed SILAC）

Microarray

qRT-PCR等

整合其他的含实验证据的miR靶基因数据库

TarBase

miRecords

miR2Disease

数据整合过程：

① 用关键字【microRNA targets】或【miRNA targets】等在PubMed中查找文献并获取全文。

② 全文检索，文本挖掘，寻找和MTIs实验有关的信息。

③ 对进一步检索得到的文献每篇均由至少2人进行人肉检索验证【哇哈哈哈】

④ 区分强实验证据和弱实验证据。前者包括Western blot、Report assays、Branched DNA probe assay，后者包括pSILAC（pulsed SILAC）、Microarray、5"RACE、ELISA、Immunoblot等

在1.0版中平均每个人miR结合五个靶基因，到了最新的3.5版平均6个。

版本：

① V1.0发布于Oct 15, 2010，有657miRs，2297 target genes， 17个物种

② 目前是V3.5，发布于Nov 1, 2012，有726miRs，4867项MITs记录，2789条 target genes， 17个物种

相关的参考文献：

miRTarBase: a database curates experimentally validated microRNA-target interactions

文章来源：https://www.plob.org/article/5579.html