通过一套小视频，来学习3分WGCNA文章的发表过程

作者: vegene | 来源:发表于2020-01-03 15:55 被阅读0次

今天分享的文章来自Frontiers系列，文章的主体是WGCNA（加权共表达网络）

Co-expression Network Analysis Identifies Four Hub Genes Associated With Prognosis in Soft Tissue Sarcoma.

期刊：Frontiers in genetics

日期：2019-02-04

DOI ：10.3389/fgene.2019.00037

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大家可能觉得WGCNA咋还能发文章呢？经过了很多团队2年以来的宣传和教育（包括我们）很多生信初学者对于生信的方法已经耳熟能详了，觉得自己也吃过见过了，自己觉得不靠谱的东西，别人就是一直中，气不气？

2020年了，我想说大家还是要回到内心，不要老看别人做了什么，市面上什么东西已经泛滥了。问问自己，你想解决什么科学问题？

这篇文章主要就说了那么几个事：

软组织肉瘤(STS)是由间充质细胞分化为软组织的异质性肿瘤。STS患者的预后受复杂基因网络调控的影响。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与STS相关的基因模块(样本=156个)。在识别的11个模块中，黑色和蓝色模块与STS高度相关。然而，通过保存分析，黑色模块表现出较低的保存性，因此选择蓝色模块作为感兴趣的模块。此外，在蓝色模块中共鉴定出20个网络枢纽基因，其中12个也是模块基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络中的枢纽节点。经过额外的验证，在测试数据集中，12个基因中有4个显示出较差的总体存活率和无病存活率。此外，基因集富集分析(GSEA)表明，蓝色模组特征基因(ME)水平高的样品在细胞周期和代谢相关的信号通路中富集。综上所述，共表达网络分析确定了四个与STS预后相关的HUB基因，它们可能通过影响细胞周期和代谢相关的信号通路而降低预后。

原文里有很多图，都是大家认为不是很高深的分析，这一篇不是文章解读，如果想看解读，可以参考之前的文章

WGCNA发文章，分数还不低

一篇典型的WGCNA文章解读

今天主要想说的是，生信的方法会不会随着时间贬值呢？