1、下载安装
第一种方法
下载地址 http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml4.9h.tgz
安装教程 http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
第二种方法
直接用conda，conda的安装方法可以参考公众号 生信技能树 的文章价值999的全外显子教学视频--免费送
conda安装好以后直接使用命令
conda install paml
2、准备分析dnds比值所需要的文件
将CDS序列进行基于密码子的比对，这一步可借助mega完成，然后导出比对结果为fasta格式，然后按照视频教程去掉终止密码子并整理成所需要的格式（所需要的格式第一行是tab+数字+tab+数字，第一个数字是几条序列，第二个数字是每条序列有几个位点，自己获得以上信息的做法是将fasta格式的比对文件转换成phylip格式,可以实现比对文件格式转换的小工具http://sing.ei.uvigo.es/ALTER/）；树文件可以用IQ-tree获得，IQ-tree下载及安装http://www.iqtree.org/#download
3、实例：计算五种植物叶绿体的ccsA基因的dn/ds值
A、比对：打开mega, File——Open a File 选择文件，提示
1.PNG
选择Align,弹出
2.PNG
然后选择Alignment——Alignment by ClustalW(codons),然后点OK在点OK,之后Data——Export Alignment——Fasta format,比对完成，之后将比对结果转换成要求的格式
3.PNG
这里需要注意的地方是序列名后有两个空格
B、建树：IQ-tree解压出来后bin目录下有可执行的程序iqtree,运行
./iqtree
4.PNG
建树用到的命令是
./iqtree -s alignment.file -alrt 1000 -bb 1000
C、按照视频教程的内容修改控制文件的内容，然后执行程序即可。获得的结果
5.PNG
以上分析用到的CDS序列文件https://pan.baidu.com/s/1xyNj_cvR68An-Lkf2HGBgQ
发现一个小问题：如果使用conda install paml 安装paml 好像找不到需要的控制文件在哪
以上内容基本在linux系统操作完成，如果没有linux系统，目前想到三种解决办法：
1、如果自己电脑是win10系统可以直接安装linux系统，百度搜索相关教程即可；
2、购买腾讯云，学生套餐10块每月还挺划算的，1核2G运行内存，50G存储空间；
3、安装虚拟机，自己之前也尝试过，个人感觉稍微有些麻烦。
关于linux系统的入门学习个人强推 网易云课堂 细说linux 视频教程
更新
配置文件的参数修改
前三个参数用来指定文件位置
runmode = 0 user tree
seqtype = 1 codons
ndata = 自己暂时还不知道这个参数是用来做什么的，视频教程里的配置文件没有这个参数
model = 0
Reference
https://www.plob.org/article/6943.html codeml的配置文件
https://www.bilibili.com/video/av10469605?from=search&seid=8859495264060497812 b站教学视频
微信文章： Ka/Ks比值：核酸分子进化的指标
微信文章： 从人见人爱的向日葵说起——Ks与全基因组多倍化事件
微信文章： 价值999的全外显子教学视频--免费送
微信文章： 基于ML法重建系统发育树-IQ-TREE篇
http://www.biotrainee.com/thread-1685-1-1.html 生信技能树
https://wenku.baidu.com/view/39c6d6f30029bd64783e2c60.html 百度文库
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