今天的主要内容
Day3
准备工作：检查服务器中有无压缩软件 bzip2
一般投产的服务器都有，但免费的阿里云并没有
输入 bzip2
-
我的服务器中已经有了，显示
有bzip2时显示
-
没有的话，输入
yum install -y bzip2安装
miniconda
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可🤒
学习Linux一定要抛弃图形界面的思维！Linux命令行中没有图形，没有窗口，没有双击，有的只是代码～
下载miniconda
- 鼠标右键复制该网站Linux下的64bit的链接
- 进入昨天建的biosoft目录
cd biosoft - 下载miniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意此时鼠标左键为复制，右键为粘贴
安装miniconda
- 输入
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -
一路 enter并不断输入 yes
安装miniconda成功
千万记得激活conda
- 输入
source ~/.bashrc
conda激活成功
添加镜像
- 一行一行复制粘贴以下代码
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# # conda config --remove-key channels
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels r
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels conda-forge
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels bioconda
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
1.查看当前所有软件列表 conda list
查看所有软件列表
2.搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
搜索软件
3.安装软件 conda install fastqc -y
【加上-y是自动安装，试了不加-y，后面需要回答 yes】
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
安装软件
如果把软件的名字打错，会显示failed
4.卸载软件 conda remove fastqc -y
卸载软件
5.查看conda有哪些环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
查看conda环境
目前就一个conda环境
6.建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
【在这里我把文件名输错了，所以又失败了一次】
建立conda环境
再次查看conda环境，conda info --envs
再次查看conda环境
7.卸载一个环境中的软件
- 卸载环境中的某个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y - 要卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除，使用
conda deactivate - 卸载环境
conda remove -n rna-seq --all
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