GFAP注释

##软件下载
https://pan.baidu.com/s/1Ue8t-AqsZEJwKR-xv7M0Fg
提取码：unl8
##下载kegg.txt.gz数据库上传到database文件夹下，并解压。
##下载链接(https://pan.baidu.com/s/1vSzlYjpTfcYovxt3notUnA#list/path=%2FGFAP_database)

GFAP注释

##软件安装
conda create -n yt python=3.8
conda activate yt
cd /home/lx_sky6/yt/soft/GFAP-linux
conda install --file requirements.txt

##pbs
cd /home/lx_sky6/yt/soft/GFAP-linux
export PATH=/home/lx_sky6/software/miniconda3/envs/yt/bin/:$PATH ##创建一个python3的环境
mkdir work_file
python3 /home/lx_sky6/yt/soft/GFAP-linux/GFAP-linux.py -qp Cbre_protein.fasta -awd psd -kegg -go -cpu 30 -o ./work_file 
## -awd 指定数据库（psd: plant-special database, td: total database, nr: Non-redundant protein sequence database）
##-qp 蛋白序列  -qn 核酸序列 
## -cpu 默认16
## -am 比对模式fast or sensitive, the default is fast.
## -kegg -go -pfam
##-o 输出目录
最后在work_file目录下生成GFAP-merge-result.txt、GO_database_result.txt、kegg_database_result.txt三个文件

go和kegg注释结果

kegg_database_result.txt

实测比eggnogmaper的结果更全一点