Beast v1.8简易手册

作者: 生信雀 | 来源:发表于2019-09-28 18:54 被阅读0次

         Beast是用来进行贝叶斯MCMC分析的一系列合集软件,其主要组成程序有BEAUtiBEAST、Tracer、TreeAnnotator、FigTree,这几个软件的组合使用常用来重建MCC树(Maximum Clade Credibility Tree),即最大可信进化分枝树。此外,还有诸如SpreaD3、Tempest、PiBUSS、LogCombiner、TreeStat之类的分析软件。

        本文分两个部分,暂时先依据软件说明书简单介绍Beast v1.8程序包里(BEAUti、BEAST、Tracer、TreeAnnotator、FigTree)各软件的功能及其参数的含义,再以示例数据重建带有分子钟的MCC树

       Beast功能较多,Beast其他软件包的使用及Beast的其他功能后期再整理上传,本文则主要介绍构建带有分子钟的MCC树。

    参考文献:《A Rough Guide to BEAST 1.4》、《Bayesian hylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7》、《Relaxed Phylogenetics and Dating with Condence》

       详见:Beast v1.8简易手册

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