这是一篇发表在“Cancer Letters”上的mini review，文章总结了关于三种非编码RNA(miRNAs/lncRNAs/circRNAs)在癌症研究中常用的网络资源，这里跟大家一起看一下。因为里面提及的网络资源有点多，所以，我就按RNA种类分别给大家介绍。
惯例，先给出文章
A comprehensive review of web-based non-coding RNA resources
for cancer research
miRNA资源
Figure 1
miRBase
所有物种的miRNA均收录其中，包括miRNA前体和成熟miRNA的序列，前体miRNA的二级结构以及相关文献。
Figure 2
需要注意的是，miRBase的最近一次大版本更新是2014年；
EVpedia
EV是指Extracellular Vesicles，胞外囊泡。
EVpedia是一个包含蛋白组、转录组和脂质组学的综合性数据库，其中包含很多物种的信息，包括人类。EVpedia提供囊泡mRNAs、miRNAs和脂类的数据库。用户可以搜索来源于包括癌细胞在内的不同细胞的胞外囊泡中的miRNAs。
Figure 3-1
Figure 3-2
最近一次更新是2017年，数据库统计信息如上图所示；
deepBase
deepBase注释了多种small RNAs(miRNAs, siRNAs and
piRNAs)，lncRNAs，circRNAs。除了sRNA的表达外，deepBase还提供lncRNAs的保守性、表达及功能预测。
Figure 4-1
Figure 4-2
miRGator
miRGator提供miRNAs的多样性或亚型、表达谱、靶标，以及miRNA与靶标的表达关系。
Figure 5
CHIPBase
CHIPBase从10200个ChIP-seq数据中收集lncRNAs、miRNAs和编码蛋白基因的转录因子结合位点和组蛋白修饰及motif。通过整合约10000个癌症样本和9100个正常样本，CHIPBase提供工具来探索转录因子与基因间的共表达模式。CHIPBase也通过工具发现一个给定的转录因子的富集GO terms。
Figure 6
CHIPBase当前正在维护~~~
GTRD
GTRD用四种peak-calling算法处理人、小鼠的8828个ChIP-seq数据，得到713个转录因子数据。GTRD中能够搜索一个给定转录因子所调控的基因或一个基因的潜在转录因子。GTRD还在基因组浏览器中呈现了推断的转录因子结合位点。
Figure 7-1
Figure 7-2
DIANA-TarBase
DIANA-TarBase搜集了24个物种、356个不同细胞系，得到超过500000个经实验验证的miRNA：target关系。
Figure 8-1
Figure 8-2
miRTarBase
miRTarBase通过文本挖掘和人工维护来获得360000个实验验证的miRNA:target关系。miRTarBase提供多种查询方法，例如通过targets、pathways、disease查询等，能发现miRNAs与疾病的关系。
Figure 9
miRCode
miRCode报告推断的miRNA靶位点
Figure 10
starBase
starBase报告miRNAs与多种分子的相互关系，包括mRNA/lncRNA/circRNA等，还提供工具分析TCGA数据中miRNA、感兴趣的靶标分子、ceRNAs的网络。
Figure 11
miRWalk
miRWalk provides predicted and experimentally verified miRNA:target interactions within the complete sequence of a gene, and combines this information with a comparison of binding sites from 12 existing miRNA-target prediction programs. miRNA:target pairs could be searched for specific GO terms, diseases and OMIM disorders in miRWalk.
Figure 12
PolymiRTS
miRNA及其靶标突变的数据库
Figure 13
SomamiR
SomamiR提供癌症中miRNA及其靶位点的体细胞突变，这些突变潜在的改变了miRNAs与ceRNAs(mRNA/lncRNA/circRNA)的相互作用。该数据库还提供了这些体细胞突变功能分析的整合平台。
Figure 14
Oncomir
Oncomir提供Sarcoma cancer和colon cancer的miRNA表达。
Figure 15
OncomiRDB
通过文本挖掘，该数据库还搜集了实验验证的致癌、抑癌的miRNA，
数据库正在维护~~
miRCancer
miRCancer通过文本挖掘技术和人工修订，提供了多种人类癌症的miRNA表达谱。
Figure 16
HMDD
HMDD是实验验证的miRNA与疾病关系的综合性数据库。HMDD支持搜索一个特定miRNA在不同疾病中的作用，也可以搜索一个特定疾病相关的所有miRNA。除了miRNA：target关系外，HMDD还搜集了miRNA与疾病的循环、基因型、表观遗传关系。
Figure 17
最后一次升级是2014年~~
miR2Disease
miR2Disease is a another database of curated relations of miRNA and diseases. miR2Disease supports queries based on miRNAs, targets and diseases. miR2Disease includes deregulated expression patterns of miRNAs in various human diseases, experimentally verified miRNA targets, and related reference.
Figure 18
网友评论