中国的经济学理论创新，不能简单照搬发达国家，必须一方面从我国自己成功和失败的经验总结出新理论，一方面解放思想、实事求是，这样才能够抓到问题的实质，提出解决问题、克服挑战的根本办法。
林毅夫19岁时担任台湾大学学生会主席，后投笔从戎，被评为“台湾十大杰出青年”，受到蒋经国的接见。２６岁担任金门马山上尉连长，２７岁冒死渡海，投奔大陆。以“来历不明者”身份进入北大学习，受诺贝尔经济学奖获得者舒尔茨赏识，被邀赴美国读博士，成为中国大陆改革开放后获得美国经济学博士的第一人，也是“海归”经济学博士第一人。
1987年回国后任国务院农村发展研究所副所长。由于在农业经济学和乡村振兴方面的突出贡献，2005年获选为第三世界科学院院士。2008年，被世界银行任命为首席经济学家兼副行长，这是来自发展中国家的第一位。2018年12月，荣获中国改革开放“改革先锋”称号。
1994年，林毅夫以其首创的新结构经济学为理论工具，撰写了《中国的奇迹：发展战略与经济改革》一书。书中预测20年后的2015年，根据购买力平价，中国经济规模将超过美国。2014年，IMF（国际货币基金组织）的一份报告指出，中国确实超过了美国。由此，新结构经济学声名鹊起。之后，北京大学成立了由林毅夫任院长的新结构经济研究院。新结构经济学能够对中国改革开放四十年的经济社会发展给予有说服力的理论诠释，也将对未来几十年中国经济发展给予有力的理论支持。有同行评价说，林毅夫是大时代创造的厉害人物，是最有可能获得诺贝尔奖的中国经济学家。
2008年2月，世界银行正式任命林毅夫为首席经济学家兼高级副行长，这是世界银行首次任命发展中国家的经济学家担任这一重要职务。世界银行是最重要的国际发展机构，林毅夫在世行的这个职位，直接主管的经济学家有300多位，间接管的有1000多位。
世行之所以这次选中林毅夫，既是因为林毅夫杰出的研究成果，也是源于中国政府在减贫方面的巨大成就。
1994年，林毅夫和和蔡昉、李周合作，出版了《中国的奇迹：发展战略与经济改革》一书。该书形成了以要素禀赋结构为分析的切入点，以企业自生能力为分析的新结构经济学理论框架，出版后获得学界的广泛好评和肯定，成了许多海外大学中国经济课程的教科书。
在该书中，林毅夫预测20年后的2015年，根据购买力平价，中国经济规模将超过美国。对于这个预言判断，当时基本没人相信，可以说是属于天方夜谭。当时国外盛行“中国崩溃论”，1995年时，还有人提出“谁来养活中国”，似乎中国到处是问题。
然而，到了2014年，IMF（国际货币基金组织）的一份报告指出，中国确实超过了美国。由此，新结构经济学声名鹊起。之后，北京大学成立了由林毅夫任院长的新结构经济研究院。
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