GetAssayData的使用

作者: Seurat_Satija | 来源:发表于2021-09-23 21:38 被阅读0次

GetAssayData的使用
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1. GetAssayData(ifnb.list$LPBS, assay = "RNA", slot = "data")

得到

Normalized data matrix

> lpbs.input <- GetAssayData(ifnb.list$LPBS, assay = "RNA", slot = "data") #2/# normalized data matrix
> dim(lpbs.input)
[1] 15463   823
> lpbs.input
15463 x 823 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
   [[ suppressing 40 column names ‘AAACCTGAGATCCCAT.LPBS’, ‘AAACCTGAGGTTCCTA.LPBS’, ‘AAACCTGGTAGAAGGA.LPBS’ ... ]]
   [[ suppressing 40 column names ‘AAACCTGAGATCCCAT.LPBS’, ‘AAACCTGAGGTTCCTA.LPBS’, ‘AAACCTGGTAGAAGGA.LPBS’ ... ]]
                                                                                                        
Gm19938       .         .         .         .         . .        .         . .         .        .       
Sox17         .         .         .         .         . .        .         . .         .        .       
Mrpl15        0.7363301 .         .         0.8257956 . 1.045689 0.9102289 . .         .        .       
Lypla1        0.7363301 .         .         .         . 1.045689 .         . .         .        .       
Tcea1         .         .         0.7055229 0.8257956 . .        0.9102289 . .         .        .       
Rgs20         .         .         .         .         . .        .         . .         .        .       
Atp6v1h       0.7363301 0.6987946 0.7055229 .         . 1.045689 .         . 0.8624364 1.862177 .       
Rb1cc1        0.7363301 .         .         .         . 1.045689 0.5552897 . .         .        1.496001
4732440D04Rik .         .         .         .         . .        .         . .         .        .       
St18          .         .         .         .         . .        .         . .         .        .       
Pcmtd1        .         0.6987946 .         0.8257956 . 1.045689 .         . .         .        .       
Sntg1         .         .         .         .         . .        .         . .         .        .       
Rrs1          .         .         0.7055229 .         . .        .         . .         .        .       
                                                                                                              
Gm19938       .         . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
Sox17         .         . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
Mrpl15        .         . 0.7001194 . 1.275357 0.709646 . .        .         . . . .         1.083769 .       
Lypla1        .         . .         . .        .        . .        .         . . . 0.9857516 .        .       
Tcea1         .         . .         . .        0.709646 . .        .         . . . .         .        .       
Rgs20         .         . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
Atp6v1h       .         . .         . .        0.709646 . .        0.9860676 . . . .         .        2.256228
Rb1cc1        0.9622577 . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
4732440D04Rik .         . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
St18          .         . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
Pcmtd1        .         . .         . 1.275357 .        . .        .         . . . .         .        .       
Sntg1         .         . .         . .        .        . .        .         . . . .         .        .       
Rrs1          .         . 0.7001194 . .        .        . 1.714844 .         . . . .         .        .       
                                                                                                    
Gm19938       .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
Sox17         .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
Mrpl15        0.8508949 . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
Lypla1        .         . .        . . .        0.9747247 . . . .        .         . .        ......
Tcea1         0.8508949 . .        . . .        0.9747247 . . . .        0.9679921 . .        ......
Rgs20         .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
Atp6v1h       .         . 1.202621 . . .        .         . . . .        .         . 1.511785 ......
Rb1cc1        0.8508949 . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
4732440D04Rik .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
St18          .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
Pcmtd1        .         . 1.202621 . . 1.042231 .         . . . 1.093967 .         . .        ......
Sntg1         .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......
Rrs1          .         . .        . . .        .         . . . .        .         . .        ......

 ..............................
 ........suppressing 783 columns and 15438 rows in show(); maybe adjust 'options(max.print= *, width = *)'
 ..............................
   [[ suppressing 40 column names ‘AAACCTGAGATCCCAT.LPBS’, ‘AAACCTGAGGTTCCTA.LPBS’, ‘AAACCTGGTAGAAGGA.LPBS’ ... ]]
                                                                                              
Sptbn2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Gm10353 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Cd5     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Cd6     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Dntt    . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Gm19557 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Dgkk    . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Cd40lg  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Zcchc18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Rragb   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Frmpd4  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Gm21860 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......

2.GetAssayData(ifnb.list$LPBS, assay = "RNA", slot = "counts")

得到count值

> GetAssayData(ifnb.list$LPBS, assay = "RNA", slot = "counts")
15463 x 823 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
   [[ suppressing 40 column names ‘AAACCTGAGATCCCAT.LPBS’, ‘AAACCTGAGGTTCCTA.LPBS’, ‘AAACCTGGTAGAAGGA.LPBS’ ... ]]
   [[ suppressing 40 column names ‘AAACCTGAGATCCCAT.LPBS’, ‘AAACCTGAGGTTCCTA.LPBS’, ‘AAACCTGGTAGAAGGA.LPBS’ ... ]]
                                                                                                    
Gm19938       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Sox17         . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Mrpl15        1 . . 1 . 1 2 . . . . . . 1 . 1 1 . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . ......
Lypla1        1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . ......
Tcea1         . . 1 1 . . 2 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . ......
Rgs20         . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Atp6v1h       1 1 1 . . 1 . . 1 1 . . . . . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . 1 ......
Rb1cc1        1 . . . . 1 1 . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . ......
4732440D04Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
St18          . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Pcmtd1        . 1 . 1 . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . 1 . . . ......
Sntg1         . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Rrs1          . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......

 ..............................
 ........suppressing 783 columns and 15438 rows in show(); maybe adjust 'options(max.print= *, width = *)'
 ..............................
   [[ suppressing 40 column names ‘AAACCTGAGATCCCAT.LPBS’, ‘AAACCTGAGGTTCCTA.LPBS’, ‘AAACCTGGTAGAAGGA.LPBS’ ... ]]
                                                                                              
Sptbn2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Gm10353 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Cd5     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Cd6     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Dntt    . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Gm19557 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Dgkk    . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Cd40lg  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Zcchc18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Rragb   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Frmpd4  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
Gm21860 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......