划痕实验
使用imageJ插件：Wound Healing Tool
下载地址
http://dev.mri.cnrs.fr/attachments/download/1992/MRI_Wound_Healing_Tool.ijm
安装方法
上述文件放到imageJ文件夹中macros/toolsets下，重启imagej。
使用方法
image.png
点最右边的双箭头
image.png
得到这样
image.png
打开一个图片，左键点击m可以直接测量，右键点击m可以打开参数设置
image.png
image.png
结果如下
image.png
点击对应区域的编号，记录面积就可以了（本图是2号）。
migration
参考资料：http://www.sohu.com/a/240069404_650214
定量过程
打开一张图片
如图所示，image-type-8-bit
image.png
image-adjust-threshold调整阈值，细胞黑色为选择上，网孔可以有一点，后面可以筛掉，点击Apply。
image.png
分割连在一起的细胞
image.png
计数
image.png
这里的参数调一下
image.png
结果如下：
image.png
血管生成
使用工具
Angiogenesis Analyzer
http://image.bio.methods.free.fr/ImageJ/?Angiogenesis-Analyzer-for-ImageJ#outil_sommaire_0
下载地址
http://rsb.info.nih.gov/ij/macros/toolsets/Angiogenesis%20Analyzer.txt
安装方法
将插件下载到imagej的文件夹下/macros/toolset中，重启imagej。
定量过程
打开一张图片，打开Angiogenesis Analyzer
image.png
直接定量
image.png
更改参数
image.png
CD31血管定量
定量过程
打开一张图片
image->Color->Split Channels
image.png
得到如下三张图（红绿蓝三个通道）
image.png
此图CD31染的红色，保留红色通道即可。
然后image->Adjust->Threshold,勾上Dark background,调整到合适的阈值，点Apply
image.png
Analyze->Set Measurements,勾上以下选项
image.png
Analyze->Measure即可。
计算完后的结果：
image.png
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