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image.png1 内存
image.png2 近交
获得多样性的总体衡量标准。
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近交系数 —— Fi
近交系数可以监测遗传多样性和获得准确的准确性。
A和G矩阵的 Fi计算简单,公式如下:
H矩阵的Fi计算较为复杂:
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A. Legarra提出了三种算法,并且证明忽略Fi,得到可靠性不准确:
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3 G矩阵不可逆-blending
混合(blending):
- 将部分遗传变异分配给谱系
- 使G可逆
需要与兼容性区分(compatibility):
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G矩阵和A矩阵的兼容性(Compatibility):
基本假设错误。
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最简单的解决系谱和测基因型数据开始不同问题的方法是:删除老数据和系谱
使用G类似与A:
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G实际上和A相似吗?
image.png image.pngChristensen (2012)建议将A向G调整
image.pngChristensen 提出了founders
image.png4 大数据
如:
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减小ssGTBLUP的计算
image.pngMisztal 提出APY法,即只使用核心群体参与计算
image.png以下PPT来自:Daniela Lourenco
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多少核心动物在APY中?
image.png为什么一些育种者不喜欢APY?
image.png注意美国的奶牛可以达到每周进行一次间接基因组预测,并且喜欢使用ss-SNPBLUP。
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大数据的问题(百万级别)只有少数人碰到
image.png5 未知父母组
image.pngMetafounders
image.png进口精液的国家(主要我国也是)往往没有产生精液的牛深度系谱信息,增加了未知父母组效应:
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知父母组被广泛应用
image.png知父母组加入到ss-GBLUP
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我们可能需要调整 UPG 理论以匹配 A 到 G
系谱具有缺失, 但是
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奶牛系谱:对于公牛和精英奶牛来说是完整的,对于“廉价奶牛”来说是不完整的
奶绵羊系谱:30-80% 完整 雌性(通常)已知母系,(有时)已知父系 雄性已知双亲
两个品种的系谱:
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Metafounders
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单个或多个Metafounder的关系:
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如对两或多个品种的系谱:
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Metafounder的近交系数
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使用Metafounders时G与A的兼容性
image.png例子:
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三性状模型适应交互 GxG 和 GxE。
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一个品种
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