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蛋白质晶体结构分辨率笔记 2020-05-08

蛋白质晶体结构分辨率笔记 2020-05-08

作者: SnorkelingFan凡潜 | 来源:发表于2020-05-08 14:30 被阅读0次

分辨率在结构解析中,是对应于最小可观察特征的距离:如果两个对象比该距离更近,它们将显示为一个组合的blob,而不是两个单独的对象。截止目前(2019年11月),PDB数据库中最高分辨率为0.48埃,该结构ID为:5D8V和3NIR。下图1中展示了不同分辨率结构中的酪氨酸,在高分辨率的时候,每个原子都有一个blob,而低分辨率的时候blob和blob之间会连在一块。
在X射线晶体学中,分辨率是在衍射图中分辨的晶格面之间的最小距离。 较高的分辨率数值(例如4Å)表示较差的分辨率,而较低的数值(例如1.5Å)表示较高的分辨率。
截止2019年5月19日,PDB数据库中X射线晶体学结构中分辨率的中值为2.05埃。作为对比,碳原子的范德华直径为3.4-3.7Å,共价碳-碳键的长度为1.5Å。

1.2 Å,非常优秀,蛋白主链和绝大部分侧链都非常清晰,甚至某些氢原子都能被解析出来。

2.5 Å,良好,蛋白主链和一些侧链清晰

3.5 Å,OK,蛋白主链和大的侧链基本清晰

5 Å,不良,蛋白主链大部分清晰,侧链不清晰;

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