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【ChIP-seq】资源汇总

【ChIP-seq】资源汇总

作者: caokai001 | 来源:发表于2018-10-01 21:17 被阅读20次

    source1:

    表观遗传小白逆袭之道:从这 19 个视频开始吧!

    本系列视频涵盖表观遗传相关的细分领域:3D 基因组、DNA 甲基化及其动态调控、增强子调控、非编码 RNA(包括 miRNA、环形 RNA 等)、DNA 6mA 修饰、RNA 修饰、染色质修饰与可变剪接,生物信息学分析(ChIP-Seq & RNA-Seq),以及表观基因组学常用的方法学和数据库/网站(ENCODE & Roadmap)介绍等。

    为了进一步方便小伙伴们检索和观看,现将这 19 个视频梳理如下(点击相应图片即可直接进入相应的视频页面):

    表观遗传小白逆袭之道:从这 19 个视频开始吧!

    soucrce2:

    哪个蛋白质调控我感兴趣的基因?怎样筛选?基于分析或实验的可行方案V2.1

    转录因子调控了谁?100%可行的完整解决方案V2.0

    ChIP-seq不画出这样的结果图,哪好意思说自己是做生信的

    source3:

    ATAC-Seq入门加高阶传送门(点击进入交流群)

    第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

    第2篇:原始数据的质控、比对和过滤

    第3篇:用MACS2软件call peaks

    第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools

    第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC

    第6篇:重复样本的处理——IDR

    第7篇:用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化

    第8篇:用网页版工具做功能分析和motif分析

    第9篇:差异peaks分析——DiffBind

    第10篇:ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析(本系列完结,内附目录)

    source4:

    我对表观的18个疑问

    Tools and parameters used for data analysis

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