BSseq如何提取methylation?用自带的getmeth

阿毛写于2019-10-23

在google输入下面几个关键词：

extract methylation from BSseq

这是解决方案的原链接：https://rdrr.io/bioc/bsseq/man/getMeth.html

Obtain methylation estimates for BSseq objects, both smoothed and raw.

用法：

getMeth(BSseq,regions=NULL,type=c("smooth","raw"),what=c("perBase","perRegion"),confint=FALSE,alpha=0.95,withDimnames=TRUE)

注意：getMeth的返回类型取决于其参数。

如果region = NULL，则忽略what参数。这也是唯一支持confint = TRUE的情况。返回值可以是DelayedMatrix（confint = FALSE），也可以是包含三个DelayedMatrix分量的列表confint = TRUE（甲基，上限和下限），给出甲基化估计值和（可选）置信区间。

类型=“smooth”的置信区间基于平滑算法的标准误差（如果存在）。否则，它基于Agresti中所述的二项式分布的逐点置信区间（请参阅下文），特别是得分置信区间。

如果指定了区域，则what=" perBase"将使函数返回一个列表，列表中的每个元素都是与基因组区域相对应的DelayedMatrix（并且DelayedMatrix的每一行都是该区域内的一个基因座）。如果what =“ perRegion”，该函数将返回DelayedMatrix，每行对应一个区域，并包含该区域的平均甲基化水平。

注意：

为了支持type =“ smooth”，需要使用功能BSmooth对BSseq对象进行平滑处理。

data(BS.chr22)

head(getMeth(BS.chr22,type="raw"))

BS.chr22.1<- BSmooth(BS.chr22, mc.cores = 12, verbose = TRUE

head(getMeth(BS.chr22.1,type="raw"))

reg<-GRanges(seqnames=c("chr22","chr22"),ranges=IRanges(start=c(1,2*10^7),end=c(2*10^7+1,4*10^7)))

head(getMeth(BS.chr22,regions=reg,type="raw",what="perBase"))

An example using a HDF5Array-backed BSseq object

library(HDF5Array)

# See ?SummarizedExperiment::saveHDF5SummarizedExperiment for details

hdf5_BS.chr22<-saveHDF5SummarizedExperiment(x=BS.chr22,dir=tempfile())

head(getMeth(hdf5_BS.chr22,type="raw"))

head(getMeth(hdf5_BS.chr22,regions=reg,type="raw",what="perBase"))