进化论是一个一直在发展的科学理论，从达尔文、华莱士、赫胥黎、赖尔、约瑟夫•胡克那个时代开始，后来又经历了动物学、植物学的研究，细胞的研究，遗传现象的发现，DNA 分子生物学的发现，基因组、微生物组的研究，一步一步递进了150年。 进化论是一个去寻找生命演化规律的科学理论，所以进化论一直在变，一直在更新，每一次更新都比之前更准确，更有依据，更符合观测的结果。
通常，我们从初中生物课开始接触起，就建立起来这样一些概念：生物的进化是从简单到复杂，由低等到高等，这就是个典型的错误；优胜劣汰、适者生存，也多少有一些误解，或者是进化会让生物越来越完善。实际上我们接触到的关于进化论这类普遍和浅显的理解内容里，目前被证明存在很多广为流传的错误，
今天的证据越来越证明，进化没有方向，强弱没有标准，生存需要运气。微生物考繁殖数量和人类靠群体协作分别存活至今。其实就是在不断尝试用自己的方式，如何适应大自然的选择。试错过程中，做出不同选择的种群最后的命运也各自不相同。
生物在自然界，会自发地出现很多难以预料的性状，而这些性状是随机出现的。同时，自然环境也一样发生着不可预料的变化，这时候，某些生物（动物、植物、微生物。）就“被动地”呈现出更适应环境的优势出来，也一样会有一些生物，会呈现出更不适应环境的劣势出来。
一个物种是否适应环境以什么来衡量标准其实很简单，就是看它本身能不能活到繁衍下一代的年纪，看它能不能繁衍出下一代。如果能，而且跟同时代、同地区的其他生物相比，在数量上还比别的生物多，那这个物种就是适者，就能生存。于是，你会发现这一切本身都是随机产生的变化，所以进化没有方向，也没有终点。
今天人类相比10几亿年前的古细菌，当然是更复杂了，但什么时候环境来一个剧变，大部分的大型动物都不存在了，那说不定也会往更简单，更小型的方向改变。这就是说，实际上，生物的性状的变化是随机的，环境变化也是随机的，生物能不能适应靠的是运气，是一种被动适应，它没有能力主动地适应。
这里，我们要特别避免拿物种个体的主动选择取代群体的被动适应。比如肌肉更发达而跑得更快，跳得更高可以避免自然灾害这样貌似主动适应的例子。那只是单个动物在它可预见的生活中感受到的。如果放在生命的长河中，这种显而易见的貌似的主动适应是不值一提的。所以，当把时间跨度拉长了之后，我们虽然是一种高智能的生命，但是我们仍然无法预测几十万年之后，几百万年之后的演化谁强谁弱？因而即使出现了一些高级生物体也不能证明这是进化的方向，而是变异的不确定性导致的。存活下来的不一定最强，也不一定是最好或最高级的。在以亿年计的生物演化尺度上，生物的随机应变能被环境塞选下来的截止目前最后的最好形式。更高级的生命体的出现只是当下时点当下环境，演化出的可能最优的选择之一。晦涩的科幻电影《太空漫游。》的例子，或许能说明这种最优选择并不能代表处于漫长的生命旅程中，这种生物体一直往前的演化规律和演化结果。以今天世间万物的生物多样性为证据，就至少可以在相当程度上证明，万物演化的无穷的不确定性和可能性的。这也同时说明了，为什么我们今天要保护生物的多样性，损失这种多样性就等于损失了机会和可能性。
事实上从达尔文那一代科学家开始直到今天，进化论描述的是物种演化的规律，这是一种认识世界的方法论。然而，150多年来，随着进化论与其他众多学科组成的科学共同体的不断发展、更新、深化，以及新观测，新证据的不断被挖掘、被发现，这种方法论自身也在不断的演化和迭代中。所以进化论自身并非真理，而是载着我们驶向真理彼岸的那条船，人类一代代正是在不断完善打造这条船的航程中，一天天接近真理，走向真理。
科学中没有真理，但是科学一直不断在走向真理贴近真理。达尔文只是这个作为理论起步的第一拨贡献者，达尔文的贡献是划时代的伟大，他开启了区别于以往所有解说的新视点，这个理论发展了150多年后，最早的人提出的很多内容早已发生了翻天覆地的变化了。基因平移就是今天对进化论作出大幅更新的一个新结论。当人类的认知已经发展到分子生物学的更深层面时，我们已经可以利用基因树来研究生物过往的历史了，有些甚至都可以追溯到几十亿年前它们是什么样子的。这一切都包含在进化论当中，而且就是进化论重要组成部分，进化论不等于物种起源。
面对浩瀚的宇宙万物，我们的已知显得是那么的孽弱和无知。尽管如此，科学最珍贵的，且最令人信服的核心，不是她所论证研究的知识本身，而是科学作为人类大脑在认知的广袤天幕上，穿破黑暗迎向光明的那只利剑所带给我们的可考可证的思维方式，正是这种被我们称作科学思维方式的人类所特有的认知，才使我们有幸品尝到科学真理的甜美果实。
我们这些芸芸众生也是与所有的科学家们一样在探索未知，趋向真理的过程中，获得更高的生命体验与更丰的精神富足。
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