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[数据库] Disease Ontology (DO)数据库学习

[数据库] Disease Ontology (DO)数据库学习

作者: 村长吃火锅 | 来源:发表于2020-07-22 21:58 被阅读0次

    官网链接: Disease Ontology

    image

    PMC链接:DO

    官网玩耍记录:

    <meta charset="utf-8">

    设计的很简单明了,如上图所示,可以自由检索,可以按navigate栏导航浏览。
    下图是一个DO的说明情况,里面包含了这个DO属于哪种类型,相关的链接,包括wiki的、MeSH的...按图中所示的visualize键可以看该DO与其父、子类的关系图。

    image

    关系图说明:红色的为你研究的DO,is_a是不是和GO之前见过的很像? 绿色表示该类型存在父节点或子节点,可点击扩展;灰色表示叶节点,黄色的圆圈数字代表存在几个父节点或子节点,没有详细列出。

    image

    当然,这个DO也像GO一样提供obo下载的。

    用DOSE和ClusterProfiler包做DO 富集分析

    参考资料:
    DOSE Manual
    R之DOSE

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite('pathview')
    biocLite('Rgraphviz')
    biocLite('clusterProfiler')
    biocLite('org.Hs.eg.db')
    biocLite('DOSE')
    library('DOSE')
    
    # data get and ID convert
    data(geneList, package="DOSE")
    gene <- names(geneList)[abs(geneList) >2 ]
    gene.df <- bitr(gene,fromType = 'ENTREZID',toType = c('ENSEMBL','SYMBOL'),OrgDb = org.Hs.eg.db)
    
    # enrichDO analysis
    yy <- enrichDO(gene=gene,
                            ont='DO',pvalue=0.05,
                            universe = names(geneList),
                            minGSSize =5,
                            readable = FALSE)
    
    # setReadable for converting entrez ID to symbols
    x <- setReadable(yy, 'org.Hs.eg.db')
    head(summary(x))
    
    # visualize
    barplot(yy)
    dotplot(yy)
    cnetplot(yy,categorySize="pvalue",foldChange = geneList)
    
    

    最后一条命令可以出关系图,如下,蜘蛛网biubiu

    image

    作者:happyxhz
    链接:https://www.jianshu.com/p/28dcf7a0b2ec
    来源:简书
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