官网链接: Disease Ontology
imagePMC链接:DO
官网玩耍记录:
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设计的很简单明了,如上图所示,可以自由检索,可以按navigate栏导航浏览。
下图是一个DO的说明情况,里面包含了这个DO属于哪种类型,相关的链接,包括wiki的、MeSH的...按图中所示的visualize键可以看该DO与其父、子类的关系图。
关系图说明:红色的为你研究的DO,is_a是不是和GO之前见过的很像? 绿色表示该类型存在父节点或子节点,可点击扩展;灰色表示叶节点,黄色的圆圈数字代表存在几个父节点或子节点,没有详细列出。
image当然,这个DO也像GO一样提供obo下载的。
用DOSE和ClusterProfiler包做DO 富集分析
参考资料:
DOSE Manual
R之DOSE
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite('pathview')
biocLite('Rgraphviz')
biocLite('clusterProfiler')
biocLite('org.Hs.eg.db')
biocLite('DOSE')
library('DOSE')
# data get and ID convert
data(geneList, package="DOSE")
gene <- names(geneList)[abs(geneList) >2 ]
gene.df <- bitr(gene,fromType = 'ENTREZID',toType = c('ENSEMBL','SYMBOL'),OrgDb = org.Hs.eg.db)
# enrichDO analysis
yy <- enrichDO(gene=gene,
ont='DO',pvalue=0.05,
universe = names(geneList),
minGSSize =5,
readable = FALSE)
# setReadable for converting entrez ID to symbols
x <- setReadable(yy, 'org.Hs.eg.db')
head(summary(x))
# visualize
barplot(yy)
dotplot(yy)
cnetplot(yy,categorySize="pvalue",foldChange = geneList)
最后一条命令可以出关系图,如下,蜘蛛网biubiu
image作者:happyxhz
链接:https://www.jianshu.com/p/28dcf7a0b2ec
来源:简书
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