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A:打扰一下，有做过药效团的大佬么，做药效团测试集的时候，怎么找一些阴性对照的小分子呢，一般是怎么个经验?

B:我是从drugbank和pubmed一些药物数据库里找的。

A:怎么确定无活性的呢?

我看到的都是基于经验，认为那些分子无活性，所以就拿来做测试，有点迷糊，不清楚这个经验……

C:chembl或pubchem，ic50，ec50，ki，kd值来，比如ic50>10000nM。这个多大算没有活性，要看具体的情况。

A:噢，还是根据这些数据来的!非常感谢!

C:hERG建模，一般认为40uM或以上没有活性。

A:请问一下，分析相互作用的时候，范得华力和静电力，这个，区别和贡献是怎样的呢?哪个更主导呢?

C:力场给出数值，你可以看到一清二楚。

A:谢谢大佬，我的意思是，从概念上来讲，在分析的时候，这两种力，应该怎么看待呢?

C: 你将相互作用能的函数写出来，其中保护静电与范德华项，一般你不会关心分项具体数值是多少，你关心总的能量。

A:受教。

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A:请问，在用DOCK6.9虚拟筛选的时候，用chimera准备小分子文件。文件过大，怎么办?有没有命令的方式?加氢，加电荷?

殷赋科技:用openbabel加MMFF94电荷也可以。或者用chimera的命令行工具：antechamber。

A:chimera可以在不打开文件的情况下执行?

殷赋科技:用Chimera的命令行工具，在Linux下运行。

B:DNA双螺旋结构预测有网站吗?

殷赋科技:DNA有多长?

B:上百碱基吧。

殷赋科技:试试这个，http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/DNA-Folding-Form。

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A:我想问一下这两张图片，连接键一个四个，一个两个，能说明什么问题吗?

殷赋科技:可能作用力多的那个体系，结合力比较强吧。

A:这分子对接结果和做实验得出来的结果相反啊!

B:具体这个多了的作用力是好是坏，得另外再分析。

C:VAL482的作用是什么搞清楚点。

A:就是一个氨基酸残基啊。

C:他们结合的氨基酸不一样啊，这方面解释合理就行了。

A:同一个蛋白质，不同的小分子配体。本来是想看能不能通过分子对接，比较一下它们之间的作用力。可是这分子对接结果和我通过实验做出来的结果好像相反的。

B:我不同意结果相反的这个说法。有作用力就一定是好的么?这个本来就是辅助，如果通过这个分析不出来，就换方法呗。

A:我不知道啊，我都不知道这作用力代表什么意思。

B:所以呀，要么你就搞清楚各个力对蛋白的影响，要么就换方法。这些方法的目的本来也是要辅助解释实验现象。

A:不同氨基酸和小分子的作用力?这个怎么搞清楚啊?

B:看作用力对蛋白的结构变化，是好是坏，你得需要加上另外的方法，文献里面找吧，方法文献是肯定有不少，对你那个体系没报道很正常了。

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