单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题

单基因生信分析流程（2）一文解决差异分析和基因相关分析问题

本文目的

• 学会如何使用差异分析
• 学会绘制火山图和热图
• 学会如何求取相关基因

第一招：差异分析

差异分析步骤总结

（1）读取基因表达矩阵
（2）根据基因表达量设置样本分组
（3）设置差异倍数、生成差异分析结果
（4）绘制火山图和热图

• 加载所必须的包

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setwd('D:\\train\\single_gene')
library(limma)
library(gplots)
library(edgeR)
library(dplyr)
library("edgeR")
rm(list=ls())
# ===============================================================

• 设置分组，我们根据ERBB2基因的表达中位值，将样本分为ERBB2高表达组和ERBB2低表达组，通过求两组样本的差异基因，来对ERBB2的生物学功能进行分析。