PSMC 分析

参考路径：

/public/home/yangjie/hudie/Pb_project/04.evolution/06.psmc/02.psmc/test4/bootstrap/g0.4/00.psmc_bootstrap.sh

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1.  samtools mpileup 生成比对文件（sort.bam）的vcf格式

     软件: samtools (1.3.1); bcftools (1.3.1)

/public/home/linzeshan/soft/samtools-1.3.1/samtools mpileup -C50 -uf Pb_2G.fa Pb.sort.bam > Pb_2G.bcf

/public/home/linzeshan/soft/bcftools-develop/bcftools call -c Pb_2G.bcf > Pb_2G.vcf

vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 50 Pb_2G.vcf | gzip > diploid.fq.gz (-d min_coverage -D max_coverage)

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2. PSMC 画图

fq2psmcfa -q 20 diploid.fq.gz > diploid.psmcfa

/public/home/linzeshan/psmc/psmc-master/psmc -N25 -t15 -r5 -p "28*2+3+5" -o diploid.psmc diploid.psmcfa

## -p 参数改变，size change的图形也会改变。最终选取一个符合自己认知的结果。

"28*2+3+5"   “64*1”

splitfa diploid.psmcfa > split.psmcfa

perl 01.pl > 01.round.sh

(#01.pl下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1UwuEgkPiRIs9K0ku15lYkw 提取码：pja7)

sh 01.round.sh

cat diploid.psmc round-*.psmc > all.psmc

perl ./psmc_plot.pl -g 0.4 -u 1.06806e-09  -p all all.psmc

（psmc_plot.pl下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1JDm1seave9yxt4MBT20YlQ 提取码：sk0s #修改处标记：yangjie）

-u: r8s的结果*g*10^(-6) #r8s结果单位是百万年；

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3. 查看文件.eps 或.pdf （二者均为矢量图）