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下载SRA数据(三)

下载SRA数据(三)

作者: 茶与生信2021 | 来源:发表于2020-06-23 21:24 被阅读0次

 茶与生信 公众号

这是下载SRA数据方法介绍的第三篇,如果您有好的方法或建议,欢迎告知并投稿。

今天介绍一种也算是非常简单的下载方法

(1)打开浏览器,输入网址

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR

在此目录下我们可以找到SRR5416978的文件所在位置

然后拷贝上部箭头的地址,并使用wget或其他下载器进行下载

亦或者点击下不见头进行下载

从ftp地址,我们可以看出其构成:

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR

/+SRR+登陆号前三位数字+/SRR+完整登陆号。

如果按SRP号码下载文件的话,需要更改路径为

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/+SRP+SRP前三位数字+/SRP+SRP完整号码

所以如果不想如此的频繁点击,我们可以依据上述规则进行构建下载地址进行下载。

这种方法相比较第一篇文章中的方法更为简单,但有时也可能会无法下载,当无法下载的时候,试着换其他方法。

暂时先介绍这几种方法,以后遇到更好的方法时,再分享给大家。

如果觉得有用,请分享并点赞。

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