R中文件的存储与读入

20220928文件读取与存储

1. Csv文件的保存

sep读取文件时分割符的类型，决定了你输出的格式。空格分割就是txt，逗号分割就是csv。sep 是函数的形式参数，多数情况下， seq 参数用来指定字符的分隔符号。不仅用在你所提到的输出，也用在输入，也用在字符串的合并与拆分上。csv 文件是用逗号分隔的，故而 sep = ","tsv 文件是用制表符分隔的，故而 sep = "\t"常用的分隔符还有空格 sep = " "分隔符是任意的，可根据具体情况指定的。在输入的时候，原内容是用什么符号分隔的，sep就要保持一致，否则可能无法正确读取。
row.names设置是否将行号写入csv文件。row.names = 1第一列作为行名
quote设置是否在数据中加入引号
header=TRUE/FALSE（是否有表头

# 读入
geneid <- read.csv("list.csv", sep="\t", header = TRUE)
#保存
write.csv(mycounts1,file= " symbol.csv", row.names = F, quote=F)

2.txt文件

gene_exp2 <- read.table(file="gene.txt", sep = "\t", header = TRUE)
write.table(mycounts1,file= "gene_symbol.txt ", row.names = F, quote=F)

3.xls文件

方法一：xls另存为csv格式然后用read.csv

openxls通过函数read.xlsx读取xlsx文件
readxl通过函数read_xls读取xls文件
软件安装方法：install.packages("openxlsx") 以及 install.packages("readxl")